Dear gmx-users,<br><br>My colleague seems to be experiencing an output containing errors after issuing the command below:<br><br>mpirun -np 8 mdrun_mpi  -s  *.tpr -o *.tpr -c out -v &gt;&amp; outt.mdrun_md<br><br>The output reads as follows:<br>

<br><div id=":26k">NNODES=8, MYRANK=0, HOSTNAME=node3.reyclus.loc<br>NODEID=0 argc=8<br>                         :-)  G  R  O  M  A  C  S  (-:<br><br>NNODES=8, MYRANK=7, HOSTNAME=node3.reyclus.loc<br>NNODES=8, MYRANK=5, HOSTNAME=node3.reyclus.loc<br>


               GRoups of Organic Molecules in ACtion for Science<br><br>                            :-)  VERSION 4.0.7  (-:<br><br><br>      Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.<br>       Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.<br>


             Copyright (c) 2001-2008, The GROMACS development team,<br>            check out <a href="http://www.gromacs.org/" target="_blank">http://www.gromacs.org</a> for more information.<br><br>         This program is free software; you can redistribute it and/or<br>


          modify it under the terms of the GNU General Public License<br>         as published by the Free Software Foundation; either version 2<br>             of the License, or (at your option) any later version.<br><br>


                              :-)  mdrun_mpi  (-:<br><br>NNODES=8, MYRANK=4, HOSTNAME=node3.reyclus.loc<br>NODEID=4 argc=8<br>NNODES=8, MYRANK=1, HOSTNAME=node3.reyclus.loc<br>NODEID=1 argc=8<br>NODEID=5 argc=8<br><br>NNODES=8, MYRANK=2, HOSTNAME=node3.reyclus.loc<br>


NODEID=2 argc=8<br>NNODES=8, MYRANK=6, HOSTNAME=node3.reyclus.loc<br>NODEID=6 argc=8<br><br>1000000 steps,   1000.0 ps.                           <br>step 0<br>imb F  3% step 100, will finish Sat Jan 29 14:50:02 2011         <br>


imb F 394% step 200, will finish Sat Jan 29 17:50:38 2011                   <br>imb F  3% step 300, will finish Sat Jan 29 17:00:30 2011                   <br>imb F  3% step 400, will finish Sat Jan 29 15:12:15 2011          <br>


imb F  3% step 500, will finish Sat Jan 29 14:40:28 2011<br>imb F  4% step 600, will finish Sat Jan 29 13:51:32 2011               <br>imb F  5% step 700, will finish Sat Jan 29 13:16:34 2011<br><br><br>It would be much appreciated if some light could be shed on what is going wrong perhaps.<br>

<br>Thank you,<br>Justin<br></div>