<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#ffffff">
    On 27/01/2011 11:11 PM, bharat gupta wrote:
    <blockquote
      cite="mid:AANLkTinspbg8oYJ8KOsVXLHTkaZ-yjkasKmqfGo6Jiz9@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div>I used the same .mdp files that are given in the lysozyme
        tutorial .. Since I was knowing what all parameters to change ..
        but after energy minimization and equilibration steps , the
        graphs that I got were fine ... even the rmsd graph of the final
        structure is also fine .. I have attached the final rmsd graph
        of the structure .. </div>
    </blockquote>
    <br>
    That suggests the problem was in the structure you started the
    simulation from, like I've suggested a few times now :-)<br>
    <br>
    Mark<br>
    &nbsp;
    <blockquote
      cite="mid:AANLkTinspbg8oYJ8KOsVXLHTkaZ-yjkasKmqfGo6Jiz9@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div class="gmail_quote">On Thu, Jan 27, 2011 at 3:44 AM, Justin
        A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a moz-do-not-send="true"
            href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span>
        wrote:<br>
        <blockquote style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204);
          margin: 0px 0px 0px 0.8ex; padding-left: 1ex;"
          class="gmail_quote">
          <div><br>
            <br>
            bharat gupta wrote:<br>
            <blockquote style="border-left: 1px solid rgb(204, 204,
              204); margin: 0px 0px 0px 0.8ex; padding-left: 1ex;"
              class="gmail_quote">I generated the secondary structure
              profile of structure retrieved from the last frame of the
              simulation ... In that profile those amino acids that are
              shown as loops in VMD doesnot have any secondary structure
              assignment ... it means that during simulation the
              structure got changed some how ... and It's really
              surprising ?? ... Can u tell me where can the fault be as
              I am planning to do the simulation again and this time I
              will check the structure after every step .. but for that
              I want to know how can I save the structure after every
              step say for eg. after energy minimization ..<br>
              <br>
            </blockquote>
            <br>
          </div>
          Secondary structure is dependent upon the chosen force field
          and the .mdp settings. &nbsp;Since you've posted neither, there's
          no way to tell what might be to blame.<br>
          <br>
          You can save more frequently by setting the proper output
          controls. &nbsp;Read in the manual about the nst* options and set
          the accordingly.<br>
          <br>
          -Justin<br>
          <br>
          <blockquote style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204);
            margin: 0px 0px 0px 0.8ex; padding-left: 1ex;"
            class="gmail_quote">
            <div>On Thu, Jan 27, 2011 at 8:35 PM, Justin A. Lemkul &lt;<a
                moz-do-not-send="true" href="mailto:jalemkul@vt.edu"
                target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a
                moz-do-not-send="true" href="mailto:jalemkul@vt.edu"
                target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt; wrote:<br>
              <br>
              <br>
              <br>
              &nbsp; &nbsp;Mark Abraham wrote:<br>
              <br>
              <br>
              <br>
              &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;On 01/27/11, *bharat gupta * &lt;<a
                moz-do-not-send="true"
                href="mailto:bharat.85.monu@gmail.com" target="_blank">bharat.85.monu@gmail.com</a><br>
            </div>
            <div>
              <div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a moz-do-not-send="true"
                  href="mailto:bharat.85.monu@gmail.com" target="_blank">bharat.85.monu@gmail.com</a>&gt;&gt;
                wrote:<br>
                <br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;I actually don't understand exactly what u
                are asking ..<br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;since I am not an expert with gromacs..<br>
                <br>
                <br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Please leave the old context for the discussion
                in future<br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;emails. Only you are paying so much attention to
                your work that<br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;you can be sure of remembering things :-)<br>
                <br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;If your simulation started with these strands
                unfolded, then<br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;your problem is somewhere else. However, you have
                to be able to<br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;tell us what was the initial conformation, and
                when your "first<br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;trajectory frame" (per last email) happened in
                the simulation.<br>
                <br>
                <br>
                &nbsp; &nbsp;I would also add that VMD does a fairly poor job
                sometimes of<br>
                &nbsp; &nbsp;guessing secondary structure. &nbsp;So if no beta strand
                was present in<br>
                &nbsp; &nbsp;the very first frame, that doesn't necessarily mean
                the secondary<br>
                &nbsp; &nbsp;structure wasn't stable, it just means VMD didn't
                display it properly.<br>
                <br>
                &nbsp; &nbsp;-Justin<br>
                <br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Mark<br>
                <br>
                <br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;I don't know when is was written .. Here are
                some lines from<br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;the log files of simulation ...<br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Statistics over 1500001 steps using 300001
                frames<br>
                <br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Energies (kJ/mol)<br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Angle &nbsp; &nbsp;Proper Dih. Ryckaert-Bell.
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;LJ-14<br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Coulomb-14<br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 7.35090e+03 &nbsp; &nbsp;4.37413e+02 &nbsp; &nbsp;3.60104e+03
                &nbsp; &nbsp;5.26705e+03<br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2.58894e+04<br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; LJ (SR) &nbsp;Disper. corr. &nbsp; Coulomb (SR)
                &nbsp; Coul. recip.<br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Potential<br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.05399e+05 &nbsp; -2.92853e+03 &nbsp; -6.79288e+05
                &nbsp; -1.07015e+05<br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;-6.41286e+05<br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Kinetic En. &nbsp; Total Energy &nbsp; &nbsp;Temperature
                Pres. DC (bar)<br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Pressure (bar)<br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.03484e+05 &nbsp; -5.37802e+05 &nbsp; &nbsp;3.00003e+02
                &nbsp; -2.37485e+02<br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.02890e+00<br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Constr. rmsd<br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.00000e+00<br>
                <br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Box-X &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Box-Y &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Box-Z<br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 7.42618e+00 &nbsp; &nbsp;7.42618e+00 &nbsp; &nbsp;7.42618e+00<br>
                <br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Total Virial (kJ/mol)<br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 3.44183e+04 &nbsp; &nbsp;3.40020e+01 &nbsp; -1.17357e+01<br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 3.42160e+01 &nbsp; &nbsp;3.45369e+04 &nbsp; -2.46337e+01<br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;-1.16644e+01 &nbsp; -2.48479e+01 &nbsp; &nbsp;3.44949e+04<br>
                <br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Pressure (bar)<br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.99809e+00 &nbsp; &nbsp;9.48448e-02 &nbsp; &nbsp;4.57909e-01<br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 7.74354e-02 &nbsp; &nbsp;4.97824e-01 &nbsp; &nbsp;1.84797e+00<br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4.52125e-01 &nbsp; &nbsp;1.86535e+00 &nbsp; &nbsp;5.90776e-01<br>
                <br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Total Dipole (D)<br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;-1.86272e+02 &nbsp; &nbsp;4.46310e+01 &nbsp; &nbsp;2.08554e+02<br>
                <br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; T-Protein &nbsp;T-non-Protein<br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2.99904e+02 &nbsp; &nbsp;3.00013e+02<br>
                <br>
                <br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;M E G A - F L O P S &nbsp; A C C O U N T I N G<br>
                <br>
                <br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;There were in total 1502 frames (as shown in
                VMD )...<br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;I don't know about how it compared with the
                coordinates of<br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;the structure that I gave to grompp<br>
                <br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;--------<br>
                <br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Pls guide<br>
                <br>
                <br>
                <br>
                <br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;-- &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Bharat<br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Ph.D. Candidate<br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Room No. : 7202A, 2nd Floor<br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Biomolecular Engineering Laboratory<br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Division of Chemical Engineering and Polymer
                Science<br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Pusan National University<br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Busan -609735<br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;South Korea<br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Lab phone no. - +82-51-510-3680,
                +82-51-583-8343<br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Mobile no. - 010-5818-3680<br>
                &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;E-mail : <a moz-do-not-send="true"
                  href="mailto:monu46010@yahoo.com" target="_blank">monu46010@yahoo.com</a>
                &lt;mailto:<a moz-do-not-send="true"
                  href="mailto:monu46010@yahoo.com" target="_blank">monu46010@yahoo.com</a>&gt;<br>
              </div>
            </div>
            &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a moz-do-not-send="true"
              href="mailto:monu46010@yahoo.com" target="_blank">monu46010@yahoo.com</a>
            &lt;mailto:<a moz-do-not-send="true"
              href="mailto:monu46010@yahoo.com" target="_blank">monu46010@yahoo.com</a>&gt;&gt;
            <div><br>
              <br>
              <br>
              &nbsp; &nbsp;-- &nbsp; &nbsp; ========================================<br>
              <br>
              &nbsp; &nbsp;Justin A. Lemkul<br>
              &nbsp; &nbsp;Ph.D. Candidate<br>
              &nbsp; &nbsp;ICTAS Doctoral Scholar<br>
              &nbsp; &nbsp;MILES-IGERT Trainee<br>
              &nbsp; &nbsp;Department of Biochemistry<br>
              &nbsp; &nbsp;Virginia Tech<br>
              &nbsp; &nbsp;Blacksburg, VA<br>
            </div>
            &nbsp; &nbsp;jalemkul[at]<a moz-do-not-send="true"
              href="http://vt.edu/" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a
              moz-do-not-send="true" href="http://vt.edu/"
              target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; | (540) 231-9080
            <div><br>
              &nbsp; &nbsp;<a moz-do-not-send="true"
                href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin"
                target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
              <br>
              &nbsp; &nbsp;========================================<br>
              &nbsp; &nbsp;-- &nbsp; &nbsp; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a
                moz-do-not-send="true"
                href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
            </div>
            &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a moz-do-not-send="true"
              href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;
            <div><br>
              &nbsp; &nbsp;<a moz-do-not-send="true"
                href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users"
                target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
              &nbsp; &nbsp;Please search the archive at<br>
              &nbsp; &nbsp;<a moz-do-not-send="true"
                href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search"
                target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a>
              before posting!<br>
              &nbsp; &nbsp;Please don't post (un)subscribe requests to the list.
              Use the www<br>
              &nbsp; &nbsp;interface or send it to <a moz-do-not-send="true"
                href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org"
                target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
            </div>
            &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a moz-do-not-send="true"
              href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org"
              target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.
            <div>
              <div><br>
                &nbsp; &nbsp;Can't post? Read <a moz-do-not-send="true"
                  href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists"
                  target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
                <br>
                <br>
                <br>
                <br>
                -- <br>
                Bharat<br>
                Ph.D. Candidate<br>
                Room No. : 7202A, 2nd Floor<br>
                Biomolecular Engineering Laboratory<br>
                Division of Chemical Engineering and Polymer Science<br>
                Pusan National University<br>
                Busan -609735<br>
                South Korea<br>
                Lab phone no. - +82-51-510-3680, +82-51-583-8343<br>
                Mobile no. - 010-5818-3680<br>
                E-mail : <a moz-do-not-send="true"
                  href="mailto:monu46010@yahoo.com" target="_blank">monu46010@yahoo.com</a>
                &lt;mailto:<a moz-do-not-send="true"
                  href="mailto:monu46010@yahoo.com" target="_blank">monu46010@yahoo.com</a>&gt;<br>
                <br>
              </div>
            </div>
          </blockquote>
          <div>
            <div><br>
              -- <br>
              ========================================<br>
              <br>
              Justin A. Lemkul<br>
              Ph.D. Candidate<br>
              ICTAS Doctoral Scholar<br>
              MILES-IGERT Trainee<br>
              Department of Biochemistry<br>
              Virginia Tech<br>
              Blacksburg, VA<br>
              jalemkul[at]<a moz-do-not-send="true"
                href="http://vt.edu/" target="_blank">vt.edu</a> | (540)
              231-9080<br>
              <a moz-do-not-send="true"
                href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin"
                target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
              <br>
              ========================================<br>
              -- <br>
              gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a moz-do-not-send="true"
                href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
              <a moz-do-not-send="true"
                href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users"
                target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
              Please search the archive at <a moz-do-not-send="true"
                href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search"
                target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a>
              before posting!<br>
              Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use
              the www interface or send it to <a moz-do-not-send="true"
                href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org"
                target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
              Can't post? Read <a moz-do-not-send="true"
                href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists"
                target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
            </div>
          </div>
        </blockquote>
      </div>
      <br>
      <br clear="all">
      <br>
      -- <br>
      Bharat<br>
      Ph.D. Candidate<br>
      Room No. : 7202A, 2nd Floor<br>
      Biomolecular Engineering Laboratory<br>
      Division of Chemical Engineering and Polymer Science<br>
      Pusan National University<br>
      Busan -609735<br>
      South Korea<br>
      Lab phone no. - +82-51-510-3680, +82-51-583-8343
      <div>Mobile no. - 010-5818-3680<br>
        E-mail : <a moz-do-not-send="true"
          href="mailto:monu46010@yahoo.com" target="_blank">monu46010@yahoo.com</a></div>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>