<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
    Aside the point, but your checkpionting issue might be that mdrun
    tries to write the file not in $PBS_O_WORKDIR, but somewere where
    you don't have more disk quota. Putting "cd $PBS_O_WORKDIR" into
    your run script may be a good solution.<br>
    <br>
    Erik<br>
    <br>
    Denny Frost skrev 2011-01-28 21.25:
    <blockquote
      cite="mid:AANLkTiksp4J5RCxM35vBbOV-1HxB+SCHqJQT8qvmVWba@mail.gmail.com"
      type="cite">Here's my grompp command:
      <div><br>
      </div>
      <div>grompp_d -nice 0 -v -f md.mdp -c ReadyForMD.gro -o md.tpr -p
        top.top</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>and my mdrun command is this:&nbsp;</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>time mpiexec mdrun_mpi -np 8 -cpt 30000 -nice 0 -nt 1 -s
        $PBS_O_WORKDIR/md.tpr -o $PBS_O_WORKDIR/mdDone.trr -x
        $PBS_O_WORKDIR/mdDone.xtc -c $PBS_O_WORKDIR/mdDone.gro -e
        $PBS_O_WORKDIR/md.edr -g $PBS_O_WORKDIR/md.log 1&gt;
        $PBS_JOBID.pgm.out 4&gt; $PBS_JOBID.pgm.err</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>I know the -cpt option is 30000 because I don't want a
        checkpoint file because every time it tries to make it, it fails
        due to quota issues and kills the job. &nbsp;I'm not sure why this
        happens, but I think it's a separate issue to take up with my
        supercomputing facility.<br>
        <br>
        <div class="gmail_quote">On Fri, Jan 28, 2011 at 1:18 PM, Justin
          A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a moz-do-not-send="true"
              href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span>
          wrote:<br>
          <blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt
            0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204);
            padding-left: 1ex;">
            <div class="im"><br>
              <br>
              Denny Frost wrote:<br>
              <blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt
                0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204);
                padding-left: 1ex;">
                all 8 nodes are running at full capacity, though<br>
                <br>
              </blockquote>
              <br>
            </div>
            What is your mdrun command line? &nbsp;How did you compile it?
            &nbsp;What can happen is something went wrong during
            installation, so you think you have an MPI-enabled binary,
            but it is simply executing 8 copies of the same job.<br>
            <br>
            -Justin<br>
            <br>
            <blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt
              0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204);
              padding-left: 1ex;">
              <div>
                <div class="h5">
                  On Fri, Jan 28, 2011 at 1:13 PM, Justin A. Lemkul &lt;<a
                    moz-do-not-send="true" href="mailto:jalemkul@vt.edu"
                    target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a
                    moz-do-not-send="true" href="mailto:jalemkul@vt.edu"
                    target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt; wrote:<br>
                  <br>
                  <br>
                  <br>
                  &nbsp; &nbsp;Denny Frost wrote:<br>
                  <br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Here's what I've got:<br>
                  <br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;M E G A - F L O P S &nbsp; A C C O U N T I N G<br>
                  <br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;RF=Reaction-Field &nbsp;FE=Free Energy
                  &nbsp;SCFE=Soft-Core/Free Energy<br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;T=Tabulated &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;W3=SPC/TIP3p &nbsp; &nbsp;W4=TIP4p
                  (single or pairs)<br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;NF=No Forces<br>
                  <br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Computing: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                  M-Number &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;M-Flops &nbsp;% Flops<br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp;-----------------------------------------------------------------------------<br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Coul(T) + VdW(T) &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                  1219164.751609 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 82903203.109 &nbsp; &nbsp;80.6<br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Outer nonbonded loop &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                  25980.879385 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 259808.794 &nbsp; &nbsp; 0.3<br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Calc Weights &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                  37138.271040 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1336977.757 &nbsp; &nbsp; 1.3<br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Spread Q Bspline &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                  &nbsp;792283.115520 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1584566.231 &nbsp; &nbsp; 1.5<br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Gather F Bspline &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                  &nbsp;792283.115520 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;4753698.693 &nbsp; &nbsp; 4.6<br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 3D-FFT &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                  &nbsp;119163.856212 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 953310.850 &nbsp; &nbsp; 0.9<br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Solve PME &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                  2527.465668 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 161757.803 &nbsp; &nbsp; 0.2<br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; NS-Pairs &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                  47774.705001 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1003268.805 &nbsp; &nbsp; 1.0<br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Reset In Box &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                  371.386080 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1114.158 &nbsp; &nbsp; 0.0<br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Shift-X &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                  &nbsp;24758.847360 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 148553.084 &nbsp; &nbsp; 0.1<br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; CG-CoM &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                  &nbsp;1237.953600 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 3713.861 &nbsp; &nbsp; 0.0<br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Angles &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                  18569.135520 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;3119614.767 &nbsp; &nbsp; 3.0<br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Propers &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                  &nbsp;14855.308416 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;3401865.627 &nbsp; &nbsp; 3.3<br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Impropers &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                  3094.855920 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 643730.031 &nbsp; &nbsp; 0.6<br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Virial &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                  &nbsp;1242.417375 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;22363.513 &nbsp; &nbsp; 0.0<br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Stop-CM &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                  1237.953600 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;12379.536 &nbsp; &nbsp; 0.0<br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; P-Coupling &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                  12379.423680 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;74276.542 &nbsp; &nbsp; 0.1<br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Calc-Ekin &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                  &nbsp;12379.436160 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 334244.776 &nbsp; &nbsp; 0.3<br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Lincs &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                  &nbsp;11760.476208 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 705628.572 &nbsp; &nbsp; 0.7<br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Lincs-Mat &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                  245113.083072 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 980452.332 &nbsp; &nbsp; 1.0<br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Constraint-V &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                  23520.928704 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 188167.430 &nbsp; &nbsp; 0.2<br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Constraint-Vir &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                  11760.452496 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 282250.860 &nbsp; &nbsp; 0.3<br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp;-----------------------------------------------------------------------------<br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Total &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;102874947.133 &nbsp; 100.0<br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp;-----------------------------------------------------------------------------<br>
                  <br>
                  <br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;R E A L &nbsp; C Y C L E &nbsp; A N D &nbsp; T I M E &nbsp; A C
                  C O U N T I N G<br>
                  <br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Computing: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Nodes &nbsp; &nbsp; Number &nbsp; &nbsp;
                  G-Cycles &nbsp; &nbsp;Seconds &nbsp; &nbsp; %<br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                  &nbsp;-----------------------------------------------------------------------<br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Neighbor search &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;99195 &nbsp; &nbsp; 8779.027 &nbsp;
                  &nbsp; 3300.3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 3.8<br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Force &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; 991941 &nbsp;
                  188562.885 &nbsp; &nbsp;70886.8 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 81.7<br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; PME mesh &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; 991941 &nbsp; &nbsp;18012.830 &nbsp;
                  &nbsp; 6771.6 &nbsp; &nbsp; &nbsp;7.8<br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Write traj. &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;41 &nbsp; &nbsp;
                  16.835 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;6.3<br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.0<br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Update &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; 991941 &nbsp; &nbsp;
                  2272.379 &nbsp; &nbsp; &nbsp;854.3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1.0<br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Constraints &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; 991941 &nbsp;
                  &nbsp;11121.146 &nbsp; &nbsp; 4180.8 &nbsp; &nbsp; 4.8<br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Rest &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                  &nbsp;2162.628 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 813.0 &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.9<br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                  &nbsp;-----------------------------------------------------------------------<br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Total &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                  &nbsp;230927.730 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 86813.1 &nbsp; 100.0<br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                  &nbsp;-----------------------------------------------------------------------<br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                  &nbsp;-----------------------------------------------------------------------<br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; PME spread/gather &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp;1983882 &nbsp; &nbsp;
                  &nbsp;17065.384 &nbsp; &nbsp;6415.4 &nbsp; 7.4<br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; PME 3D-FFT &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp;1983882 &nbsp; &nbsp;
                  &nbsp;503.340 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 189.2<br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.2<br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; PME solve &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; 991941 &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                  427.136 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;160.6 &nbsp; &nbsp; 0.2<br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                  &nbsp;-----------------------------------------------------------------------<br>
                  <br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Does that mean it's only using 1 node? &nbsp;That
                  would explain the<br>
                  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;speed issues.<br>
                  <br>
                  <br>
                  &nbsp; &nbsp;That's what it looks like to me.<br>
                  <br>
                  <br>
                  &nbsp; &nbsp;-Justin<br>
                  <br>
                  &nbsp; &nbsp;-- &nbsp; &nbsp; ========================================<br>
                  <br>
                  &nbsp; &nbsp;Justin A. Lemkul<br>
                  &nbsp; &nbsp;Ph.D. Candidate<br>
                  &nbsp; &nbsp;ICTAS Doctoral Scholar<br>
                  &nbsp; &nbsp;MILES-IGERT Trainee<br>
                  &nbsp; &nbsp;Department of Biochemistry<br>
                  &nbsp; &nbsp;Virginia Tech<br>
                  &nbsp; &nbsp;Blacksburg, VA<br>
                </div>
              </div>
              &nbsp; &nbsp;jalemkul[at]<a moz-do-not-send="true"
                href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a
                moz-do-not-send="true" href="http://vt.edu"
                target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; | (540) 231-9080
              <div class="im"><br>
                &nbsp; &nbsp;<a moz-do-not-send="true"
                  href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin"
                  target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
                <br>
                &nbsp; &nbsp;========================================<br>
                &nbsp; &nbsp;-- &nbsp; &nbsp; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a
                  moz-do-not-send="true"
                  href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
              </div>
              &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a moz-do-not-send="true"
                href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;
              <div class="im"><br>
                &nbsp; &nbsp;<a moz-do-not-send="true"
                  href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users"
                  target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
                &nbsp; &nbsp;Please search the archive at<br>
                &nbsp; &nbsp;<a moz-do-not-send="true"
                  href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search"
                  target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a>
                before posting!<br>
                &nbsp; &nbsp;Please don't post (un)subscribe requests to the list.
                Use the www<br>
                &nbsp; &nbsp;interface or send it to <a moz-do-not-send="true"
                  href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org"
                  target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
              </div>
              &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a moz-do-not-send="true"
                href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org"
                target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.
              <div class="im"><br>
                &nbsp; &nbsp;Can't post? Read <a moz-do-not-send="true"
                  href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists"
                  target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
                <br>
                <br>
              </div>
            </blockquote>
            <div>
              <div class="h5">
                <br>
                -- <br>
                ========================================<br>
                <br>
                Justin A. Lemkul<br>
                Ph.D. Candidate<br>
                ICTAS Doctoral Scholar<br>
                MILES-IGERT Trainee<br>
                Department of Biochemistry<br>
                Virginia Tech<br>
                Blacksburg, VA<br>
                jalemkul[at]<a moz-do-not-send="true"
                  href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> |
                (540) 231-9080<br>
                <a moz-do-not-send="true"
                  href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin"
                  target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
                <br>
                ========================================<br>
                -- <br>
                gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a moz-do-not-send="true"
                  href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
                <a moz-do-not-send="true"
                  href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users"
                  target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
                Please search the archive at <a moz-do-not-send="true"
href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search"
                  target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a>
                before posting!<br>
                Please don't post (un)subscribe requests to the list.
                Use the www interface or send it to <a
                  moz-do-not-send="true"
                  href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org"
                  target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
                Can't post? Read <a moz-do-not-send="true"
                  href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists"
                  target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
              </div>
            </div>
          </blockquote>
        </div>
        <br>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    <br>
    <pre class="moz-signature" cols="72">-- 
-----------------------------------------------
Erik Marklund, PhD student
Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.
Husargatan 3, Box 596,    75124 Uppsala, Sweden
phone:    +46 18 471 4537        fax: +46 18 511 755
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:erikm@xray.bmc.uu.se">erikm@xray.bmc.uu.se</a>    <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://folding.bmc.uu.se/">http://folding.bmc.uu.se/</a>
</pre>
  </body>
</html>