Hi all !!<br><br>Can some one clarify me what the g_mindist does. As far as I understood, it takes two inputs from the index file. If I have more than one entry in both of the indexes than how would g_mindist function?<br>
eg; echo "7 8" | g_mindist -s ../md30-60.tpr -n index.ndx -f ../30-60.part0004.trr -od mindist.xvg -nice 0 -b 35000 -e 40000 -xvgr<br>My 7th and 8th indexes are : <br>[ N ]<br> 1 11 20 29 38 47 56 65 74 83 92 101 110 119 128 137 146 155<br>
164 173 183 193 202 211 220 229 238 247 256 265 274 283 292 301 310 319<br> 328 337 346 355 365 375 384 393 402 411 420 429 438 447 456 465 474 483<br> 492 501 510 519 528 537 547 557 566 575 584 593 602 611 620 629 638 647<br>
656 665 674 683 692 701 710 719 729 739 748 757 766 775 784 793 802 811<br> 820 829 838 847 856 865 874 883 892 901 911 921 930 939 948 957 966 975<br> 984 993 1002 1011 1020 1029 1038 1047 1056 1065 1074 1083 1093 1103 1112 1121 1130 1139<br>
1148 1157 1166 1175 1184 1193 1202 1211 1220 1229 1238 1247 1256 1265 1275 1285 1294 1303<br> 1312 1321 1330 1339 1348 1357 1366 1375 1384 1393 1402 1411 1420 1429 1438 1447 1457 1467<br> 1476 1485 1494 1503 1512 1521 1530 1539 1548 1557 1566 1575 1584 1593 1602 1611 1620 1629<br>
1639 1649 1658 1667 1676 1685 1694 1703 1712 1721 1730 1739 1748 1757 1766 1775 1784 1793<br> 1802 1811<br><br>[ O ]<br> 1858 1960 2062 2164 2266 2368 2470 2572 2674 2776 2878 2980 3082 3184 3286 3388 3490 3592<br> 3694 3796 3898 4000 4102 4204 4306 4408 4510 4612 4714 4816 4918 5020 5122 5224 5326 5428<br>
5530 5632 5734 5836 5938 6040 6142 6244 6346 6448 6550 6652 6754 1865 1967 2069 2171 2273<br> 2375 2477 2579 2681 2783 2885 2987 3089 3191 3293 3395 3497 3599 3701 3803 3905 4007 4109<br> 4211 4313 4415 4517 4619 4721 4823 4925 5027 5129 5231 5333 5435 5537 5639 5741 5843 5945<br>
6047 6149 6251 6353 6455 6557 6659 6761 1872 1974 2076 2178 2280 2382 2484 2586 2688 2790<br> 2892 2994 3096 3198 3300 3402 3504 3606 3708 3810 3912 4014 4116 4218 4320 4422 4524 4626<br> 4728 4830 4932 5034 5136 5238 5340 5442 5544 5646 5748 5850 5952 6054 6156 6258 6360 6462<br>
6564 6666 6768 1879 1981 2083 2185 2287 2389 2491 2593 2695 2797 2899 3001 3103 3205 3307<br> 3409 3511 3613 3715 3817 3919 4021 4123 4225 4327 4429 4531 4633 4735 4837 4939 5041 5143<br> 5245 5347 5449 5551 5653 5755 5857 5959 6061 6163 6265 6367 6469 6571 6673 6775 1886 1988<br>
2090 2192 2294 2396 2498 2600 2702 2804 2906 3008 3110 3212 3314 3416 3518 3620 3722 3824<br> 3926 4028 4130 4232 4334 4436 4538 4640 4742 4844 4946 5048 5150 5252 5354 5456 5558 5660<br> 5762 5864 5966 6068 6170 6272 6374 6476 6578 6680 6782 1893 1995 2097 2199 2301 2403 2505<br>
2607 2709 2811 2913 3015 3117 3219 3321 3423 3525 3627 3729 3831 3933 4035 4137 4239 4341<br> 4443 4545 4647 4749 4851 4953 5055 5157 5259 5361 5463 5565 5667 5769 5871 5973 6075 6177<br> 6279 6381 6483 6585 6687 6789 1900 2002 2104 2206 2308 2410 2512 2614 2716 2818 2920 3022<br>
3124 3226 3328 3430 3532 3634 3736 3838 3940 4042 4144 4246 4348 4450 4552 4654 4756 4858<br> 4960 5062 5164 5266 5368 5470 5572 5674 5776 5878 5980 6082 6184 6286 6388 6490 6592 6694<br> 6796 1907 2009 2111 2213 2315 2417 2519 2621 2723 2825 2927 3029 3131 3233 3335 3437 3539<br>
3641 3743 3845 3947 4049 4151 4253 4355 4457 4559 4661 4763 4865 4967 5069 5171 5273 5375<br> 5477 5579 5681 5783 5885 5987 6089 6191 6293 6395 6497 6599 6701 6803 1914 2016 2118 2220<br> 2322 2424 2526 2628 2730 2832 2934 3036 3138 3240 3342 3444 3546 3648 3750 3852 3954 4056<br>
4158 4260 4362 4464 4566 4668 4770 4872 4974 5076 5178 5280 5382 5484 5586 5688 5790 5892<br> 5994 6096 6198 6300 6402 6504 6606 6708 6810 1921 2023 2125 2227 2329 2431 2533 2635 2737<br> 2839 2941 3043 3145 3247 3349 3451 3553 3655 3757 3859 3961 4063 4165 4267 4369 4471 4573<br>
4675 4777 4879 4981 5083 5185 5287 5389 5491 5593 5695 5797 5899 6001 6103 6205 6307 6409<br> 6511 6613 6715 6817<br><br>With one entry in the g_mindist (-od) and g_dist produces the same graph.<br><br clear="all"><br>--<br>
Chandan kumar Choudhury<br>NCL, Pune<br>INDIA<br>