the protein I am working on is a very large transmembrane protein. I used the DPPC bi layer membrane from peter teilman site and moved my protein into the membrane using VMD.<br>the protein being very big is protruding out of the lipid membrane. Now I want to solvate my whole protein for simulation studies. <br>
I am following the Justin A lemkul tutorial KALP15 in DPPC in step 3 we have to define the dimensions of the box to solvate the whole system. what could be the How can I define the box so that my whole protein is inside the box. <br>
In the tutorial as I understand in the editconf step we have to give the membrane box vectors but if i will do so my protein will be out of the box. That is to say I want to fill spc (water<br>) above and below the bilayer DPPC so that I have a fully solvated system.<br>
Thanks <br>