I searched the user list .. I am not able to find how to apprach this problem .. I want to check whether water is entering the protein and interacting with chromophore or not ?? ...<br><br>
<div class="gmail_quote">On Fri, Jan 28, 2011 at 5:10 AM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote style="BORDER-LEFT: #ccc 1px solid; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; PADDING-LEFT: 1ex" class="gmail_quote">
<div class="im"><br><br>bharat gupta wrote:<br>
<blockquote style="BORDER-LEFT: #ccc 1px solid; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; PADDING-LEFT: 1ex" class="gmail_quote">Thanks for the advice ... I have checked all the equilibration graphs and they have converged well... I want to know one more thing about the anaylsis of simulation result.... I want to know whether the water molecules are entering in the protein molecule or not and if so how to track down those specific water molecules .. ( since I am simulating a GFP which is well protected from water and I have made some changes in the structure of GFP and then simulating it to see how this leads to change in protein structure ?? )<br>
<br></blockquote><br></div>Watching the trajectory is the first step.  There may be ways to quantify these water molecules, using e.g. g_select or perhaps trjorder, but I can&#39;t say that I actually know how to do that.  I&#39;ve never had to try :)<br>
<br>-Justin<br><br>
<blockquote style="BORDER-LEFT: #ccc 1px solid; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; PADDING-LEFT: 1ex" class="gmail_quote">
<div class="im">On Fri, Jan 28, 2011 at 5:00 AM, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt; wrote:<br>
<br><br><br>   sonali dhindwal wrote:<br><br>       Hi Justin,<br><br>       I am writing in this correspondence, because I also had the same<br>       query once that secondary structure changes after equilibration,<br>       and you are right that visualisation programs are not always<br>
       reliable.<br>       You also mentioned this time that we should check wether<br>       equilibration sufficiently converged all of the thermodynamic<br>       observables. It will be very kind of you if you can throw some<br>
       light in this regard that how these observables should be checked.<br><br><br>   Presumably, you&#39;ve chosen an ensemble (NVT, NPT, etc) that<br>   represents some set of desirable conditions.  You have to make sure<br>
   that properties like temperature, pressure, density, energy, etc<br>   have converged, otherwise the system is not yet equilibrated under<br>   those conditions.<br><br>   -Justin<br><br>       Thanks and Regards<br><br>
       --         Sonali Dhindwal<br><br>       “Live as if you were to die tomorrow. Learn as if you were to<br>       live forever.”<br><br><br>       --- On *Fri, 28/1/11, Justin A. Lemkul /&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a><br>
</div>       &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt;/* wrote:<br><br><br>          From: Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt; 
<div class="im"><br>          Subject: Re: [gmx-users] change in secondary structure after npt<br>          equilibration<br>          To: &quot;Discussion list for GROMACS users&quot;<br></div>       &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;&gt; 
<div>
<div></div>
<div class="h5"><br>          Date: Friday, 28 January, 2011, 5:53 PM<br><br><br><br><br>          bharat gupta wrote:<br>           &gt; Hi,<br>           &gt;<br>           &gt;<br>           &gt; I am doing a simulation of a 230 amino acid protein for<br>
       3ns ...<br>          and I have completed the npt equilibration step .. After<br>       retrieving<br>          the structure from npt step and viewing it in pymol, reveals that<br>          some portion of the beta strand got changed to a loop but when I<br>
          visualized the same structure in VMD I found that nothing has<br>          happened to the structure .. In order to confirm more ... I<br>          generated the SS profile using dssp and I found that , the dssp<br>
          shows E i.e. sheet for that region .. So what shall i do next ...<br>          shall I continue with the production step or not ??<br>           &gt;<br><br>          Visualization programs are not always reliable in what they show<br>
          you, we&#39;ve discussed that.  Methods like DSSP and STRIDE are far<br>          more trustworthy, and seem to indicate that your structure is<br>       fine.     What you should be much more concerned with at this<br>
       point is whether<br>          or not your equilibration sufficiently converged all of the<br>          thermodynamic observables.<br><br>          -Justin<br><br>           &gt; -- Bharat<br>           &gt; Ph.D. Candidate<br>
           &gt; Room No. : 7202A, 2nd Floor<br>           &gt; Biomolecular Engineering Laboratory<br>           &gt; Division of Chemical Engineering and Polymer Science<br>           &gt; Pusan National University<br>           &gt; Busan -609735<br>
           &gt; South Korea<br>           &gt; Lab phone no. - +82-51-510-3680, +82-51-583-8343<br>           &gt;<br>           &gt; Mobile no. - 010-5818-3680<br></div></div>           &gt; E-mail : <a href="mailto:monu46010@yahoo.com" target="_blank">monu46010@yahoo.com</a> &lt;mailto:<a href="mailto:monu46010@yahoo.com" target="_blank">monu46010@yahoo.com</a>&gt;<br>
       &lt;/mc/compose?to=<a href="mailto:monu46010@yahoo.com" target="_blank">monu46010@yahoo.com</a> &lt;mailto:<a href="mailto:monu46010@yahoo.com" target="_blank">monu46010@yahoo.com</a>&gt;&gt;<br>          &lt;mailto:<a href="mailto:monu46010@yahoo.com" target="_blank">monu46010@yahoo.com</a> &lt;mailto:<a href="mailto:monu46010@yahoo.com" target="_blank">monu46010@yahoo.com</a>&gt;<br>
       &lt;/mc/compose?to=<a href="mailto:monu46010@yahoo.com" target="_blank">monu46010@yahoo.com</a> &lt;mailto:<a href="mailto:monu46010@yahoo.com" target="_blank">monu46010@yahoo.com</a>&gt;&gt;&gt; 
<div class="im"><br><br>           &gt;<br><br>          -- ========================================<br><br>          Justin A. Lemkul<br>          Ph.D. Candidate<br>          ICTAS Doctoral Scholar<br>          MILES-IGERT Trainee<br>
          Department of Biochemistry<br>          Virginia Tech<br>          Blacksburg, VA<br></div>          jalemkul[at]<a href="http://vt.edu/" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu/" target="_blank">http://vt.edu/</a>&gt; | (540) 231-9080 
<div class="im"><br>          <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br><br>          ========================================<br>
          -- gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div>       &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt; 
<div class="im"><br>          &lt;/mc/compose?to=<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div>       &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;&gt; 
<div class="im"><br><br>          <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>          Please search the archive at<br>          <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before<br>
       posting!<br>          Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>          interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
</div>       &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt; 
<div class="im"><br>          &lt;/mc/compose?to=<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>       &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;&gt;. 
<div class="im"><br><br>          Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br><br><br><br>   --     ========================================<br>
<br>   Justin A. Lemkul<br>   Ph.D. Candidate<br>   ICTAS Doctoral Scholar<br>   MILES-IGERT Trainee<br>   Department of Biochemistry<br>   Virginia Tech<br>   Blacksburg, VA<br></div>   jalemkul[at]<a href="http://vt.edu/" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu/" target="_blank">http://vt.edu/</a>&gt; | (540) 231-9080 
<div class="im"><br>   <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br><br>   ========================================<br>
   --     gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div>   &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt; 
<div class="im"><br>   <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>   Please search the archive at<br>   <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
   Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>   interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>   &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;. 
<div class="im"><br>   Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br><br><br><br><br>-- <br>Bharat<br>Ph.D. Candidate<br>Room No. : 7202A, 2nd Floor<br>
Biomolecular Engineering Laboratory<br>Division of Chemical Engineering and Polymer Science<br>Pusan National University<br>Busan -609735<br>South Korea<br>Lab phone no. - +82-51-510-3680, +82-51-583-8343<br>Mobile no. - 010-5818-3680<br>
</div>E-mail : <a href="mailto:monu46010@yahoo.com" target="_blank">monu46010@yahoo.com</a> &lt;mailto:<a href="mailto:monu46010@yahoo.com" target="_blank">monu46010@yahoo.com</a>&gt;<br><br></blockquote>
<div class="im"><br>-- <br>========================================<br><br>Justin A. Lemkul<br>Ph.D. Candidate<br>ICTAS Doctoral Scholar<br>MILES-IGERT Trainee<br>Department of Biochemistry<br>Virginia Tech<br>Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu/" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br><a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>========================================<br>-- <br>gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div>
<div>
<div></div>
<div class="h5"><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Bharat<br>Ph.D. Candidate<br>Room No. : 7202A, 2nd Floor<br>Biomolecular Engineering Laboratory<br>Division of Chemical Engineering and Polymer Science<br>Pusan National University<br>
Busan -609735<br>South Korea<br>Lab phone no. - +82-51-510-3680, +82-51-583-8343 
<div>Mobile no. - 010-5818-3680<br>E-mail : <a href="mailto:monu46010@yahoo.com" target="_blank">monu46010@yahoo.com</a></div><br>