<div>Hi,</div><div><br></div><div>I am doing a simulation of a 230 amino acid protein for 3ns ... and I have completed the npt equilibration step .. After retrieving the structure from npt step and viewing it in pymol, reveals that some portion of the beta strand got changed to a loop but when I visualized the same structure in VMD I found that nothing has happened to the structure .. In order to confirm more ... I generated the SS profile using dssp and I found that , the dssp shows E i.e. sheet for that region .. So what shall i do next ... shall I continue with the production step or not ??</div>
<br clear="all"><br>-- <br>Bharat<br>Ph.D. Candidate<br>Room No. : 7202A, 2nd Floor<br>Biomolecular Engineering Laboratory<br>Division of Chemical Engineering and Polymer Science<br>Pusan National University<br>Busan -609735<br>
South Korea<br>Lab phone no. - +82-51-510-3680, +82-51-583-8343<div>Mobile no. - 010-5818-3680<br>E-mail : <a href="mailto:monu46010@yahoo.com" target="_blank">monu46010@yahoo.com</a></div><br>