Hi,<br><br>I&#39;m a first time GROMACS user. I&#39;ve got 2 questions, which I&#39;ll ask in separate emails. The first is about running EM on a charged protein in vacuum.<br><br>I&#39;m presently walking through some of the tutorials and trying to simplify them for my purposes. One is the energy minimization of the 1AKI lysozyme protein. I would like to minimize this protein in vacuum instead of solution as the tutorial demonstrates. Since the genion program replaces water molecules with ions to balance the charge of the system and there&#39;s no water, I&#39;m having trouble running the simulation with a neutral system.<br>
<br>My question is what effect does running a simulation with a charged system have? I recall reading that something related to PME  calculations assumes the system is neutral, but it did not specify whether it was referring to MD or EM. From the mailing list, I have only been able to determine that running a charged system in solution makes no sense biologically.<br>
<br>Thanks in advance for your replies,<br><br>-- <br>____________<br><br>Matthew Chan<br><br>