<div dir="ltr"><p style="MARGIN: 0in 0in 0pt" class="MsoNormal"><font size="3"><font face="Calibri">Hi,</font></font></p>
<p style="MARGIN: 0in 0in 0pt" class="MsoNormal"><font size="3"><font face="Calibri">I would like to count the number of contacts between two proteins. </font></font></p>
<p style="MARGIN: 0in 0in 0pt" class="MsoNormal"><font size="3"><font face="Calibri">It seems that g_mindist is affected by the periodic boundary conditions; i.e. sometimes it measures the distance between one protein to the other that is in another frame, rather than measuring distances only between proteins in the same frame.</font></font></p>

<p style="MARGIN: 0in 0in 0pt" class="MsoNormal"><font size="3"><font face="Calibri">I tried using the –pbc options but it didn’t seem to help.</font></font></p>
<p style="MARGIN: 0in 0in 0pt" class="MsoNormal"><font size="3"><font face="Calibri">Any suggestions on how to force the g_mindist to consider only contacts <span> </span>that take place in the same periodic frame. <span> </span><span> </span></font></font></p>

<p style="MARGIN: 0in 0in 0pt" class="MsoNormal"><font size="3"><font face="Calibri">Thanks,</font></font></p>
<p style="MARGIN: 0in 0in 0pt" class="MsoNormal"><font size="3"><font face="Calibri">Ifat</font></font></p></div>