<div><br>I manually index checkpoint files after every mdrun. What troubles me is the randomness with which -append fails/works.</div>
<div> </div>
<div>For eg, I have a simulation which runs from 3ns, 1ps in 1 mdrun. Now oddly enough, the logfile starts from 1184ps(in the end, I do remember the one starting from 0 but that was overwritten it seems) and the rest is appended uptil the 3000ps step. Why would append work from 1184ps to 3000ps but not for the previous ones?Could it have anything to do with the network/cluster? If that is the case is it safer to create a new file everytime and then concatenate them after say every 100ps?</div>


<div> </div>
<div>Pooja<br></div>
<div class="gmail_quote">On Sat, Jan 29, 2011 at 6:52 PM, Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">
<div bgcolor="#ffffff" text="#000000">
<div class="im">On 30/01/2011 10:39 AM, Sai Pooja wrote: 
<blockquote type="cite">I would be happy to supply more information.. if someone could please look into this.. otherwise I will have to switch to storing every file and then just concatenating them which seems like a rather roundabout way of doing it.<br>

</blockquote><br></div>As I suggested a few emails ago, are you sure that -cpi file exists? If your numerical suffixes are indexing restarts, then unless you&#39;ve done some manual copying that you haven&#39;t told us about, it won&#39;t. Your filename scheme seems a bit contorted - like you&#39;re trying to do the work that GROMACS 4.5.x will just do for you if you let it.<br>

<br>Otherwise, you&#39;ll have to do some detective work with gmxcheck on the -cpi to see what might be the issue.<br><br>In your case, an initial<br><br>mdrun -deffnm rex_3<br><br>(perhaps save some copies while you&#39;re experimenting) and subsequently<br>

<br>tpbconv -extend &lt;blah&gt; -f rex_3 -o rex_3<br>mdrun -deffnm rex_3 -append<br><br>will work and be much simpler than whatever you&#39;re trying to do with filenames :-)<br><font color="#888888"><br>Mark</font> 
<div>
<div></div>
<div class="h5"><br><br>
<blockquote type="cite"><br>
<div class="gmail_quote">On Fri, Jan 28, 2011 at 4:37 PM, Sai Pooja <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:saipooja@gmail.com" target="_blank">saipooja@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: rgb(204,204,204) 1px solid">
<div>This is the command:</div>
<div> </div>
<div>nbs submit -command &quot;(/usr/local/gromacs/4.5.1/bin/mdrun_mpi -s rex_3.tpr -e rex_3 -c after_rex_3 -cpi restart3 -cpo restart3 -ap<br>pend -g rexlog3 -x rextraj3);&quot; -nproc 1 -name &quot;GENHAM-DIHEDRAL-3&quot; -mail start end</div>


<div> </div><font color="#888888">
<div>Pooja<br><br></div></font>
<div>
<div>
<div class="gmail_quote">On Fri, Jan 28, 2011 at 4:20 PM, Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au" target="_blank">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: rgb(204,204,204) 1px solid">
<div>
<div>On 29/01/2011 3:56 AM, Sai Pooja wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: rgb(204,204,204) 1px solid">Hi,<br>I am using tpbconv and mdrun to extend a simulation. I use it with the append option but the files still get overwritten or erased. Can someone help me in this regard?<br>

Pooja<br>Commands (in python)<br>cmd = &#39;(%s/tpbconv -extend %f -s rex_%d.tpr -o rex_%d.tpr)&#39; %(GROMPATH,dtstep,i,i)<br>     os.system(cmd)<br>     time.sleep(1)<br>     cmd  = &#39;nbs submit -command &quot;&#39;<br>

     cmd += &#39;(%s/mdrun_mpi -noh -noversion -s rex_%d.tpr -e rex_%d -c after_rex_%d -cpi restart%d -cpo restart%d -append -g rexlog%d -x rextraj%d &gt;/dev/null); &#39; %(GROMPATH,i,i,i,i,i,i,i)<br>     cmd += &#39;&quot; &#39;<br>

     cmd += &#39;-nproc 1 &#39;<br>     cmd += &#39;-name &quot;GENHAM-DIHEDRAL-%d&quot; &#39;%(i)<br>     cmd += &#39;-mail start end &#39;<br>     cmd += &#39;-elapsed_limit 16h &gt;&gt; rexid&#39;<br>     os.system(cmd)<br>

</blockquote><br></div></div>More useful for diagnostic and record-preservation purposes is to construct the cmd string and print it to stdout (or something).<br><br>At the moment it is far from clear that your -cpi file exists for the new run.<br>

<br>Mark<br><font color="#888888">-- <br>gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>

Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>

Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></font></blockquote></div><br><br clear="all"><br></div></div>
<div>
<div>-- <br>Quaerendo Invenietis-Seek and you shall discover.<br></div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Quaerendo Invenietis-Seek and you shall discover.<br></blockquote><br></div></div></div><br>--<br>

gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>

Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>

www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>

</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Quaerendo Invenietis-Seek and you shall discover.<br>