<br /><br /><span>On 01/31/11, toma0052@umn.edu wrote:</span><blockquote cite="mid:Gophermail.2.0.1101302322240.23163@vs-a.tc.umn.edu" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text plain">Hello,<br />    I am trying to install gromacs 4.5.3 on my desktop under Cygwin. Using the installation procedure from the Wiki:<br />(&lt;<a href="http://www.gromacs.org/Downloads/Installation_Instructions/Cygwin_HOWTO" target="l">http://www.gromacs.org/Downloads/Installation_Instructions/Cygwin_HOWTO</a>&gt;<br />Install fftw-3.2.2 with ./configure --enable-sse --enable-float<br />make<br />make install<br /><br />Then install gromacs with:<br />./configure --enable-shared LDFLAGS='-L/usr/local/lib'<br />make<br /><br />The installation fails here with many errors not being able to find libraries associated with fftw tracing back to this error:<br /><br />*** Warning: This system can not link to static lib archive /usr/local/lib/libfftw3f.la.<br />*** I have the capability to make that library automatically link in when<br />*** you link to this library.  But I can only do this if you have a<br />*** shared version of the library, which you do not appear to have.<br /><br />The installation procedure from the Wiki works fine with gromacs-4.0.7. This error only occurs with the 4.5 series. Are there different default settings for where gromacs looks for fftw between 4.0.7 and 4.5.3? Any help would be appreciated.</div></blockquote><br />I ran into the same issue a while back. I don't know what causes it. I found that using a CMake-based build on Cygwin worked.<br /><br />Mark