<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><br><blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"><div id="yiv1313094549"><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font: inherit;" valign="top">I want to create a peptide bond between glu and lys using Gromacs 4.5.3. One option that I have is to modify the topology file (bonds, angles, etc.) but I also want to do a number of these lactam bridges so it is a pain to make the bonds, delete the atoms in glu and lys that are not needed and renumber the .itp and .gro files. <br><br>The other option is to add the lactam glu (LCE) and lactam lys (LCK) as residues to the force field. So far I have added LCE and LCK to gromos53a6 and opls-aa but i always get the same error: "Atom HZ1 not found in rtp database in residue LCK, it looks a bit like HZ" - there is no HZ1 in all my files but
 pdb2gmx seem to be looking for it.<br><br>The naming is consistent (HZ is specified in the .rtp files, in the pdb file). Here are the modiifcation that I made involving gromos53a6. <br><br>Following the "Adding a residue to a
 force field section" in the gromacs website<br>1.)<br>-------- In aminoacids.rtp (I'm just showing LCK)<br>[ LCK ]<br>&nbsp;[ atoms ]<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.31000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.31000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp; CH1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>&nbsp;&nbsp; CG&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>&nbsp;&nbsp; CD&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>&nbsp;&nbsp; CE&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<br>&nbsp;&nbsp; NZ &nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.31000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 ; same atom type as amide N<br>&nbsp;&nbsp; HZ
 &nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.31000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 ; same atom type as amide H<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.450&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.450&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4<br>&nbsp;[ bonds ]<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_2<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_21<br>&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_27<br>&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_27<br>&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; CG&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_27<br>&nbsp;&nbsp; CG&nbsp;&nbsp;&nbsp; CD&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_27<br>&nbsp;&nbsp; CD&nbsp;&nbsp;&nbsp; CE&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_27<br>&nbsp;&nbsp; CE&nbsp;&nbsp;&nbsp; NZ &nbsp;&nbsp; gb_21 ; same bond as N-CA<br>&nbsp;&nbsp; NZ &nbsp;&nbsp; HZ &nbsp;&nbsp; gb_2 ; same bond
 as N-H<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_5<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; +N&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_10<br>&nbsp;[ angles ] <br>;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp; ak&nbsp;&nbsp; gromos type<br>&nbsp;&nbsp; -C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_32<br>&nbsp;&nbsp; -C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_31<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_18<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_13<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_13<br>&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_13<br>&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; CG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_15<br>&nbsp;&nbsp;
 CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; CG&nbsp;&nbsp;&nbsp; CD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_15<br>&nbsp;&nbsp; CG&nbsp;&nbsp;&nbsp; CD&nbsp;&nbsp;&nbsp; CE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_15<br>&nbsp;&nbsp; CD&nbsp;&nbsp;&nbsp; CE&nbsp;&nbsp;&nbsp; NJ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_15<br>&nbsp;&nbsp; CE&nbsp;&nbsp;&nbsp; NJ&nbsp;&nbsp;&nbsp; HJ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_31<br>&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_30<br>&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; +N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_19<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; +N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_33<br>&nbsp;[ impropers ]<br>;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp; ak&nbsp;&nbsp;&nbsp; al&nbsp;&nbsp; gromos type<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; -C&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gi_1<br>&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 C&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gi_2<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; +N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gi_1<br>&nbsp;[ dihedrals ]<br>;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp; ak&nbsp;&nbsp;&nbsp; al&nbsp;&nbsp; gromos type<br>&nbsp; -CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; -C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_14<br>&nbsp;&nbsp; -C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_39<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; CG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_34<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; +N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_40<br>&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; CG&nbsp;&nbsp;&nbsp; CD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_34<br>&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; CG&nbsp;&nbsp;&nbsp; CD&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 CE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_34<br>&nbsp;&nbsp; CG&nbsp;&nbsp;&nbsp; CD&nbsp;&nbsp;&nbsp; CE&nbsp;&nbsp;&nbsp; NJ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_34<br>&nbsp;&nbsp; CD&nbsp;&nbsp;&nbsp; CE&nbsp;&nbsp;&nbsp; NJ&nbsp;&nbsp;&nbsp; HJ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_29<br><br>2.) HBD has been update <br>LCK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA<br>2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HZ &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NZ &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CD<br><br>3.) no new atom types introduced atomtypes.atp and ffnonbonded.itp not modified. Note: I did try introducing new atom types in a previous attempt (not on this attempt) but I still get the same error above.&nbsp; &nbsp; <br><br>4.) no new bond types introduced (ffbonded.itp is
 not modified). <br><br>5.) In residuetypes.dat (the new residues were declared)<br>LCK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Protein<br>LCE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Protein <br><br>6.) specbond.dat (the peptide bond was introduced)<br>LCE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LCK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NZ &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.133&nbsp;&nbsp; LCTM&nbsp;&nbsp;&nbsp; LCTM<br><br>It seems like pdb2gmx is still looking at my new residues as if they were lys and glu and that might be the source of the error (In my original pdb file, LCE and LCK were used so the error does not come from there and the atom names are also consistent). <br>Here's a portion of the pdb file that I used:<br><br>ATOM&nbsp;&nbsp; 1759&nbsp; N&nbsp;&nbsp; LCK B&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -3.985&nbsp; -0.668&nbsp;&nbsp; 6.218&nbsp; 1.00
 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 1760&nbsp; CA&nbsp; LCK B&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -3.534&nbsp; -1.515&nbsp;&nbsp; 5.127&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 1761&nbsp; C&nbsp;&nbsp; LCK B&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.096&nbsp; -1.976&nbsp;&nbsp; 5.372&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 1762&nbsp; O&nbsp;&nbsp; LCK B&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.823&nbsp; -3.174&nbsp;&nbsp; 5.413&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 1763&nbsp; HA&nbsp; LCK B&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -4.173&nbsp; -2.398&nbsp;&nbsp; 5.113&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 1764&nbsp; CB&nbsp; LCK B&nbsp;
 20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -3.662&nbsp; -0.780&nbsp;&nbsp; 3.790&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 1765 1HB&nbsp; LCK B&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -4.701&nbsp; -0.500&nbsp;&nbsp; 3.623&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 1766 2HB&nbsp; LCK B&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -3.084&nbsp;&nbsp; 0.143&nbsp;&nbsp; 3.823&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 1767&nbsp; CG&nbsp; LCK B&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -3.171&nbsp; -1.655&nbsp;&nbsp; 2.635&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 1768 1HG&nbsp; LCK B&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.125&nbsp; -1.918&nbsp;&nbsp; 2.792&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H<br>ATOM&nbsp;&nbsp;
 1769 2HG&nbsp; LCK B&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -3.735&nbsp; -2.588&nbsp;&nbsp; 2.616&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 1770&nbsp; CD&nbsp; LCK B&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -3.326&nbsp; -0.932&nbsp;&nbsp; 1.296&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 1771 1HD&nbsp; LCK B&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -3.061&nbsp;&nbsp; 0.119&nbsp;&nbsp; 1.413&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 1772 2HD&nbsp; LCK B&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.635&nbsp; -1.356&nbsp;&nbsp; 0.567&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 1773&nbsp; CE&nbsp; LCK B&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -4.760&nbsp; -1.047&nbsp;&nbsp; 0.774&nbsp; 1.00
 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 1774 1HE&nbsp; LCK B&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -4.973&nbsp; -2.081&nbsp;&nbsp; 0.503&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 1775 2HE&nbsp; LCK B&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -5.463&nbsp; -0.771&nbsp;&nbsp; 1.560&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 1776&nbsp; NZ&nbsp; LCK B&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -4.955&nbsp; -0.170&nbsp; -0.403&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 1777&nbsp; HZ&nbsp; LCK B&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -5.909&nbsp; -0.258&nbsp; -0.736&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 1778&nbsp; HN&nbsp; LCK B&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -3.255&nbsp;
 -0.255&nbsp;&nbsp; 6.762&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H<br><br>Any suggestion as to how to solve this error?&nbsp; <br><br><br></td></tr></tbody></table><br>

      </div></blockquote></td></tr></table><br>