Thank you for your reply. I am not planning to simulate proton transfer in gromacs. Just it could be nice to see possible interaction.<br><br>best,<br>Olga<br><br><div class="gmail_quote">2011/2/3 Erik Marklund <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:erikm@xray.bmc.uu.se">erikm@xray.bmc.uu.se</a>&gt;</span><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">Mark Abraham skrev 2011-02-03 11.59:<div class="im"><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
On 3/02/2011 9:18 PM, Olga Ivchenko wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Dear Gromacs Users,<br>
<br>
I would like to replace some of my water molecules with H+ ions, or add hydrogen ions to my water box. Please could you advice me how to do it?<br>
</blockquote>
<br>
I&#39;m not aware of any force field that implements hydrogen cation (because it is unphysical) or hydronium cation (because it would immediately take you to an impossible pH, and also not be a sound model of hydrogen transfer in real water).<br>

<br>
Mark<br>
</blockquote></div>
There are several articles out there where an excess hydronium in water has been simulated. See e.g. the work of Lill and Holms, or Schmitt and Voth.<br>
<br>
Regards,<br><font color="#888888">
<br>
-- <br>
-----------------------------------------------<br>
Erik Marklund, PhD student<br>
Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<br>
Husargatan 3, Box 596,    75124 Uppsala, Sweden<br>
phone:    +46 18 471 4537        fax: +46 18 511 755<br>
<a href="mailto:erikm@xray.bmc.uu.se" target="_blank">erikm@xray.bmc.uu.se</a>    <a href="http://folding.bmc.uu.se/" target="_blank">http://folding.bmc.uu.se/</a></font><div><div></div><div class="h5"><br>
<br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>