hi, all<div><br></div><div>I get another strange error. Once I turn on free energy calculation. mdrun will complain this:</div><div><br></div><div><div>Initial maximum inter charge-group distances:</div><div>    two-body bonded interactions: 4.509 nm, LJC Pairs NB, atoms 1013 1231</div>

<div>  multi-body bonded interactions: 0.428 nm, Proper Dih., atoms 5 13</div><div>Minimum cell size due to bonded interactions: 4.960 nm</div><div><br></div><div><br></div><div>so that domain decomposition will not work. What is a LJC pair? I did not see any problem with my system. Everything is fine if free_energy = no.</div>

<div><br></div><div>thanks.</div><div><br></div><div>dawei</div><div><br></div><div><br></div><br><div class="gmail_quote">On Mon, Feb 7, 2011 at 1:38 PM, Da-Wei Li <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:lidawei@gmail.com">lidawei@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">hello<div><br></div><div>My goal is to study the solvation free energy of a fixed protein and compare it with implicit model. The pr1. mdp is just a test case. Grompp always need more than 10 minutes to finish for my 76 residues protein when free_energy = yes, no matter there is PR or not, whether I switch off only vdm or switch both ele and vdm.</div>


<div><br></div><div>The memory usage is &lt;1% on a system with 16GB memory so that memory limitation can be ruled out.</div><div><br></div><div>best,</div><div><br></div><div>dawei</div><div><div></div><div class="h5"><div>

<br></div><div><br><br><div class="gmail_quote">
On Mon, Feb 7, 2011 at 1:31 PM, TJ Mustard <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:mustardt@onid.orst.edu" target="_blank">mustardt@onid.orst.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">





  
    
    
  

  <div>
    <p style="margin:0px">Da-Wei,</p>

    <p style="margin:0px"><span><br>
    </span></p>

    <p style="margin:0px"><span>Do you need FEP information on the PR step? Are you going to do a MD(sd) with FEP on after the PR?</span></p>

    <p style="margin:0px"><span> </span></p>

    <p style="margin:0px"><span>And are you doing hydration of a protein?<br>
    </span></p>

    <p style="margin:0px"> </p>

    <p style="margin:0px">Thank you,<span> </span></p>

    <p style="margin:0px"><span>TJ Mustard<font color="#888888"><br>
    </font></span></p><div><div></div><div>

    <div style="margin:5px 0px 5px 0px">
      On February 7, 2011 at 10:23 AM &quot;Justin A. Lemkul&quot; &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt; wrote:<br>
      <br>
      &gt;<br>
      &gt;<br>
      &gt; Da-Wei Li wrote:<br>
      &gt; &gt; hello<br>
      &gt; &gt;<br>
      &gt; &gt; Here they are the command line and mdp file. I use Gromacs 4.5.3. This<br>
      &gt; &gt; is a test case only and the protein is 1UBQ. Grompp wills top for about<br>
      &gt; &gt; 10 minutes then go through.<br>
      &gt; &gt;<br>
      &gt;<br>
      &gt; The efficiency of this kind of process will depend on the amount of available<br>
      &gt; memory on the system.  You&#39;re asking grompp to decouple a huge amount of degrees<br>
      &gt; of freedom, which will require a lot of memory to do.  It sounds like it&#39;s<br>
      &gt; working, in any case, so there&#39;s no real problem.<br>
      &gt;<br>
      &gt; Whether or not simultaneously decoupling the LJ and Coulombic interactions of a<br>
      &gt; whole protein will generate a stable trajectory or sensible result is another<br>
      &gt; matter.<br>
      &gt;<br>
      &gt; -Justin<br>
      &gt;<br>
      &gt; &gt; ***********output of grompp*****************<br>
      &gt; &gt;<br>
      &gt; &gt; Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.6#<br>
      &gt; &gt; Generated 2278 of the 2278 non-bonded parameter combinations<br>
      &gt; &gt; Generating 1-4 interactions: fudge = 0.5<br>
      &gt; &gt; Generated 2278 of the 2278 1-4 parameter combinations<br>
      &gt; &gt; Excluding 3 bonded neighbours molecule type &#39;Protein&#39;<br>
      &gt; &gt; turning H bonds into constraints...<br>
      &gt; &gt; Excluding 2 bonded neighbours molecule type &#39;SOL&#39;<br>
      &gt; &gt; turning H bonds into constraints...<br>
      &gt; &gt; Coupling 1 copies of molecule type &#39;Protein&#39;<br>
      &gt; &gt; Setting gen_seed to 8552<br>
      &gt; &gt; Velocities were taken from a Maxwell distribution at 300 K<br>
      &gt; &gt; ********************************<br>
      &gt; &gt;<br>
      &gt; &gt; Command line and mdp file:<br>
      &gt; &gt;<br>
      &gt; &gt; ******************************<br>
      &gt; &gt; grompp -f pr1.mdp -c after_em.gro -t em.trr -p topol.top -o pr1<br>
      &gt; &gt; ******************************<br>
      &gt; &gt; define = -DPOSRES ; position restrain the protein<br>
      &gt; &gt; ; Run parameters<br>
      &gt; &gt; integrator = sd ; leap-frog integrator<br>
      &gt; &gt; nsteps = 5000 ; 2 * 50000 = 100 ps<br>
      &gt; &gt; dt = 0.002 ; 2 fs<br>
      &gt; &gt; ; Output control<br>
      &gt; &gt; nstxout = 1000 ; save coordinates every 2 ps<br>
      &gt; &gt; nstvout = 5000 ; save velocities every 100ps<br>
      &gt; &gt; nstenergy = 1000 ; save energies every 2 ps<br>
      &gt; &gt; nstlog = 1000 ; update log file every 2 ps<br>
      &gt; &gt; ; Bond parameters<br>
      &gt; &gt; continuation = no ; first dynamics run<br>
      &gt; &gt; constraint_algorithm = lincs ; holonomic constraints<br>
      &gt; &gt; constraints = hbonds ; H bonds constrained<br>
      &gt; &gt; lincs_iter = 1 ; accuracy of LINCS<br>
      &gt; &gt; lincs_order = 4 ; also related to accuracy<br>
      &gt; &gt; ; Neighborsearching<br>
      &gt; &gt; ns_type = grid ; search neighboring grid cels<br>
      &gt; &gt; nstlist = 10 ; 20 fs<br>
      &gt; &gt; rlist = 0.8 ; short-range neighborlist cutoff (in nm)<br>
      &gt; &gt; rcoulomb = 0.8 ; short-range electrostatic cutoff (in nm)<br>
      &gt; &gt; rvdw = 1.0 ; short-range van der Waals cutoff (in nm)<br>
      &gt; &gt; ; Electrostatics<br>
      &gt; &gt; coulombtype = PME ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics<br>
      &gt; &gt; pme_order = 4 ; cubic interpolation<br>
      &gt; &gt; fourierspacing = 0.12 ; grid spacing for FFT<br>
      &gt; &gt; ; Temperature coupling is on<br>
      &gt; &gt; tcoupl = V-rescale ; modified Berendsen thermostat<br>
      &gt; &gt; tc-grps = Protein Non-Protein ; two coupling groups - more accurate<br>
      &gt; &gt; tau_t = 0.1 0.1 ; time constant, in ps<br>
      &gt; &gt; ref_t = 300 300 ; reference temperature, one for each group, in K<br>
      &gt; &gt; ; Pressure coupling is off<br>
      &gt; &gt; pcoupl = no ; no pressure coupling in NVT<br>
      &gt; &gt; ; Periodic boundary conditions<br>
      &gt; &gt; pbc = xyz ; 3-D PBC<br>
      &gt; &gt; ; Dispersion correction<br>
      &gt; &gt; DispCorr = EnerPres ; account for cut-off vdW scheme<br>
      &gt; &gt; ; Velocity generation<br>
      &gt; &gt; gen_vel = yes ; assign velocities from Maxwell distribution<br>
      &gt; &gt; gen_temp = 300 ; temperature for Maxwell distribution<br>
      &gt; &gt; gen_seed = -1 ; generate a random seed<br>
      &gt; &gt; ;free energy stuff<br>
      &gt; &gt; free_energy              = yes<br>
      &gt; &gt; init_lambda              = 0.0<br>
      &gt; &gt; delta_lambda             = 0<br>
      &gt; &gt; sc_alpha                 =0.5<br>
      &gt; &gt; sc-power                 =1.0<br>
      &gt; &gt; sc-sigma                 = 0.3<br>
      &gt; &gt; couple-moltype           = Protein<br>
      &gt; &gt; couple-lambda0           = vdw-q<br>
      &gt; &gt; couple-lambda1           = none<br>
      &gt; &gt; *******************************<br>
      &gt; &gt;<br>
      &gt; &gt; thanks.<br>
      &gt; &gt;<br>
      &gt; &gt; dawei<br>
      &gt; &gt;<br>
      &gt; &gt;<br>
      &gt; &gt;<br>
      &gt; &gt;<br>
      &gt; &gt; On Mon, Feb 7, 2011 at 1:05 PM, TJ Mustard &lt;<a href="mailto:mustardt@onid.orst.edu" target="_blank">mustardt@onid.orst.edu</a><br>
      &gt; &gt; &lt;mailto:<a href="mailto:mustardt@onid.orst.edu" target="_blank">mustardt@onid.orst.edu</a>&gt;&gt; wrote:<br>
      &gt; &gt;<br>
      &gt; &gt;     Dawei,<br>
      &gt; &gt;<br>
      &gt; &gt;     <br>
      &gt; &gt;<br>
      &gt; &gt;     I have no problems with proteins in the thousands of atoms. Can you<br>
      &gt; &gt;     post your command line and mdp files?<br>
      &gt; &gt;<br>
      &gt; &gt;     <br>
      &gt; &gt;<br>
      &gt; &gt;     Thank you,<br>
      &gt; &gt;<br>
      &gt; &gt;     TJ Mustard<br>
      &gt; &gt;<br>
      &gt; &gt;<br>
      &gt; &gt;     On February 7, 2011 at 9:31 AM Da-Wei Li &lt;<a href="mailto:lidawei@gmail.com" target="_blank">lidawei@gmail.com</a><br>
      &gt; &gt;     &lt;mailto:<a href="mailto:lidawei@gmail.com" target="_blank">lidawei@gmail.com</a>&gt;&gt; wrote:<br>
      &gt; &gt;<br>
      &gt; &gt;&gt;     Well. It  actually isn&#39;t dead but becomes very slow for large<br>
      &gt; &gt;&gt;     proteins.   dawei<br>
      &gt; &gt;&gt;<br>
      &gt; &gt;&gt;     On Mon, Feb 7, 2011 at 11:44 AM, Da-Wei Li &lt;<a href="mailto:lidawei@gmail.com" target="_blank">lidawei@gmail.com</a><br>
      &gt; &gt;&gt;     &lt;mailto:<a href="mailto:lidawei@gmail.com" target="_blank">lidawei@gmail.com</a>&gt;&gt; wrote:<br>
      &gt; &gt;&gt;<br>
      &gt; &gt;&gt;         hi,<br>
      &gt; &gt;&gt;         I did more test and found that it depended on size of the<br>
      &gt; &gt;&gt;         protein. Grompp will die when number of atoms of the protein<br>
      &gt; &gt;&gt;         is larger than about 200. Is it possible the source code limit<br>
      &gt; &gt;&gt;         the size of the protein that can be decoupled?<br>
      &gt; &gt;&gt;         thanks.<br>
      &gt; &gt;&gt;         dawei<br>
      &gt; &gt;&gt;<br>
      &gt; &gt;&gt;<br>
      &gt; &gt;&gt;         On Mon, Feb 7, 2011 at 10:34 AM, Da-Wei Li &lt;<a href="mailto:lidawei@gmail.com" target="_blank">lidawei@gmail.com</a><br>
      &gt; &gt;&gt;         &lt;mailto:<a href="mailto:lidawei@gmail.com" target="_blank">lidawei@gmail.com</a>&gt;&gt; wrote:<br>
      &gt; &gt;&gt;<br>
      &gt; &gt;&gt;             Dear users<br>
      &gt; &gt;&gt;             I tried free energy calculation but grompp couldn&#39;t go<br>
      &gt; &gt;&gt;             through. It stops after<br>
      &gt; &gt;&gt;             *******************<br>
      &gt; &gt;&gt;             Generated 2278 of the 2278 non-bonded parameter combinations<br>
      &gt; &gt;&gt;             Generating 1-4 interactions: fudge = 0.5<br>
      &gt; &gt;&gt;             Generated 2278 of the 2278 1-4 parameter combinations<br>
      &gt; &gt;&gt;             Excluding 3 bonded neighbours molecule type &#39;Protein&#39;<br>
      &gt; &gt;&gt;             turning H bonds into constraints...<br>
      &gt; &gt;&gt;             Excluding 2 bonded neighbours molecule type &#39;SOL&#39;<br>
      &gt; &gt;&gt;             turning H bonds into constraints...<br>
      &gt; &gt;&gt;             Excluding 1 bonded neighbours molecule type &#39;CL&#39;<br>
      &gt; &gt;&gt;             turning H bonds into constraints...<br>
      &gt; &gt;&gt;             Coupling 1 copies of molecule type &#39;Protein&#39;<br>
      &gt; &gt;&gt;             *******************<br>
      &gt; &gt;&gt;             The CPU usage is 100%.<br>
      &gt; &gt;&gt;             I just add following into the mdp file:<br>
      &gt; &gt;&gt;             ***************<br>
      &gt; &gt;&gt;             free_energy              = yes<br>
      &gt; &gt;&gt;             init_lambda              = 0.0<br>
      &gt; &gt;&gt;             delta_lambda             = 0<br>
      &gt; &gt;&gt;             sc_alpha                 =0.5<br>
      &gt; &gt;&gt;             sc-power                 =1.0<br>
      &gt; &gt;&gt;             sc-sigma                 = 0.3<br>
      &gt; &gt;&gt;             couple-moltype           = Protein <br>
      &gt; &gt;&gt;             couple-lambda0           = vdw-q<br>
      &gt; &gt;&gt;             couple-lambda1           = none<br>
      &gt; &gt;&gt;             ***************<br>
      &gt; &gt;&gt;             Does anyone have some idea about this problem?  thanks.<br>
      &gt; &gt;&gt;             Another question is whether I can switch off &quot;two<br>
      &gt; &gt;&gt;             molecules&quot; (such as protein+ligand) in free energy<br>
      &gt; &gt;&gt;             calculation? I searched this list and got that 4.0.7 did<br>
      &gt; &gt;&gt;             support this. how about 4.5.4?<br>
      &gt; &gt;&gt;             dawei<br>
      &gt; &gt;&gt;<br>
      &gt; &gt;&gt;<br>
      &gt; &gt;     <br>
      &gt; &gt;<br>
      &gt; &gt;     TJ Mustard<br>
      &gt; &gt;     Email: <a href="mailto:mustardt@onid.orst.edu" target="_blank">mustardt@onid.orst.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:mustardt@onid.orst.edu" target="_blank">mustardt@onid.orst.edu</a>&gt;<br>
      &gt; &gt;<br>
      &gt; &gt;<br>
      &gt; &gt;     --<br>
      &gt; &gt;     gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
      &gt; &gt;     &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
      &gt; &gt;     <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
      &gt; &gt;     Please search the archive at<br>
      &gt; &gt;     <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
      &gt; &gt;     Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
      &gt; &gt;     www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
      &gt; &gt;     &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<br>
      &gt; &gt;     Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
      &gt; &gt;<br>
      &gt; &gt;<br>
      &gt;<br>
      &gt; --<br>
      &gt; ========================================<br>
      &gt;<br>
      &gt; Justin A. Lemkul<br>
      &gt; Ph.D. Candidate<br>
      &gt; ICTAS Doctoral Scholar<br>
      &gt; MILES-IGERT Trainee<br>
      &gt; Department of Biochemistry<br>
      &gt; Virginia Tech<br>
      &gt; Blacksburg, VA<br>
      &gt; jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
      &gt; <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
      &gt;<br>
      &gt; ========================================<br>
      &gt; --<br>
      &gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
      &gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
      &gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
      &gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
      &gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
      &gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
      &gt;
    </div>

    <p style="margin:0px"> </p>

    <p style="font-family:monospace;white-space:nowrap;margin:5px 0px 5px 0px">TJ Mustard<br>
    Email: <a href="mailto:mustardt@onid.orst.edu" target="_blank">mustardt@onid.orst.edu</a></p>
  </div></div></div>

<br>--<br>
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