<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><!--[if gte mso 9]><xml>
 <w:WordDocument>
  <w:View>Normal</w:View>
  <w:Zoom>0</w:Zoom>
  <w:PunctuationKerning/>
  <w:DrawingGridVerticalSpacing>7.8 磅</w:DrawingGridVerticalSpacing>
  <w:DisplayHorizontalDrawingGridEvery>0</w:DisplayHorizontalDrawingGridEvery>
  <w:DisplayVerticalDrawingGridEvery>2</w:DisplayVerticalDrawingGridEvery>
  <w:ValidateAgainstSchemas/>
  <w:SaveIfXMLInvalid>false</w:SaveIfXMLInvalid>
  <w:IgnoreMixedContent>false</w:IgnoreMixedContent>
  <w:AlwaysShowPlaceholderText>false</w:AlwaysShowPlaceholderText>
  <w:Compatibility>
   <w:SpaceForUL/>
   <w:BalanceSingleByteDoubleByteWidth/>
   <w:DoNotLeaveBackslashAlone/>
   <w:ULTrailSpace/>
   <w:DoNotExpandShiftReturn/>
   <w:AdjustLineHeightInTable/>
   <w:BreakWrappedTables/>
   <w:SnapToGridInCell/>
   <w:WrapTextWithPunct/>
   <w:UseAsianBreakRules/>
   <w:DontGrowAutofit/>
   <w:UseFELayout/>
  </w:Compatibility>
  <w:BrowserLevel>MicrosoftInternetExplorer4</w:BrowserLevel>
 </w:WordDocument>
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
 <w:LatentStyles DefLockedState="false" LatentStyleCount="156">
 </w:LatentStyles>
</xml><![endif]--><!--[if !mso]><object
 classid="clsid:38481807-CA0E-42D2-BF39-B33AF135CC4D" id=ieooui></object>
<style>
st1\:*{behavior:url(#ieooui) }
</style>
<![endif]--><!--[if gte mso 10]>
<style>
 /* Style Definitions */
 table.MsoNormalTable
        {mso-style-name:普通表格;
        mso-tstyle-rowband-size:0;
        mso-tstyle-colband-size:0;
        mso-style-noshow:yes;
        mso-style-parent:"";
        mso-padding-alt:0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;
        mso-para-margin:0cm;
        mso-para-margin-bottom:.0001pt;
        mso-pagination:widow-orphan;
        font-size:10.0pt;
        font-family:"Times New Roman";
        mso-ansi-language:#0400;
        mso-fareast-language:#0400;
        mso-bidi-language:#0400;}
</style>
<![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026"/>
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapelayout v:ext="edit">
  <o:idmap v:ext="edit" data="1"/>
 </o:shapelayout></xml><![endif]-->

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Dear all gmx-users,</span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">&nbsp;</span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">I have </span><span lang="EN-US">recently </span><span lang="EN-US">been testing the REMD
simulations. I was running simulations on a supercomputer system<span class="highlightedsearchterm"> </span>ba<span class="highlightedsearchterm">se</span>d
on the AMD Opteron 12-core (2.1 GHz) processors. The Gromacs 4.5.3
version was used.</span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">&nbsp;</span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">I have a system of 5172 atoms, of which 138
atoms belong to solute and the other are water molecules. An exponential
distribution of temperatures was generated ranging from 276 to 515 K in total
of 42 replicas or from 298 to 420 K in total of 24 replicas, ensuring that the
exchange ratio between all adjacent replicas is about 0.25. The replica
exchange was carried out every 0.5ps. The integrate step size was 2fs.</span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">&nbsp;</span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">For the above system, when REMD is
simulated over 24 replicas, the simulation speed is reasonably fast. However,
when REMD is simulated over 42 replicas, the simulation speed is awfully slow.Please see the following table for the speed.<br></span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">----------------------------------------------------------------------------</span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Replica number<span style="">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>CPU number<span style="">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>speed</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin-left: 90pt; text-indent: -90pt;"><span style="" lang="EN-US"><span style="">24<span style="font-family: &quot;Times New Roman&quot;; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 7pt; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span></span></span><span lang="EN-US">96<span style="">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>58015steps/15minutes</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin-left: 90pt; text-indent: -90pt;"><span style="" lang="EN-US"><span style="">42<span style="font-family: &quot;Times New Roman&quot;; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 7pt; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span></span></span><span lang="EN-US">42<span style="">&nbsp; </span><span style="">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</span><a name="OLE_LINK5">865steps/15minutes</a></span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin-left: 90pt; text-indent: -90pt;"><span style="" lang="EN-US"><span style="">42<span style="font-family: &quot;Times New Roman&quot;; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 7pt; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span></span></span><span lang="EN-US">84<span style="">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>1175<a name="OLE_LINK7">steps/15minutes</a></span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin-left: 84.75pt; text-indent: -84.75pt;"><span style="" lang="EN-US"><span style="">42<span style="font-family: &quot;Times New Roman&quot;; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 7pt; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span></span></span><span lang="EN-US">168<span style="">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>1875steps/15minutes</span></p>

<div style="border-style: none none solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color windowtext; border-width: medium medium 1pt; padding: 0cm 0cm 1pt;">

<p class="MsoNormal" style="border: medium none ; padding: 0cm;"><span lang="EN-US">42<span style="">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; </span>336<span style="">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>2855steps/15minutes</span></p>

</div>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">&nbsp;</span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">The command line for the mdrun
is:</span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">aprun -n (CPU number here) mdrun_d -s
md.tpr -multi (replica number here) -replex 250</span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">&nbsp;</span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">My questions are :<br></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">1) why the REMD for the 42
replicas is so slow for the same system? <br></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">2) On what aspects can I improve the operating
efficiency please?<br></span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">&nbsp;</span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Many thanks in advance for your help!</span></p><p class="MsoNormal"><br><span lang="EN-US"></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Qiong Zhang</span></p>Department of Theoretical Chemistry<br>School of Biotechnology Royal<br>Institute of Technology<br>Roslagstullsbacken 15<br>SE-10691 Stockholm, Sweden<br>Tel: +46 855378422<br>E-mail: zhang@theochem.kth.se<br><br><br><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><br></span></p>

</td></tr></table><br>