
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

  <head>

    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body text="#000000" bgcolor="#ffffff">

    On 8/02/2011 2:47 AM, abdullah ahmed wrote:

    <blockquote cite="mid:SNT140-w1549CA7E8381CE14A41777A3EB0@phx.gbl"

      type="cite">

      <style><!--

.hmmessage P

{

margin:0px;

padding:0px

}

body.hmmessage

{

font-size: 10pt;

font-family:Tahoma

}

--></style>

      Hello, <br>

      <br>

      I have an input structure with poor torsion angles and after

      minimization with gromacs (both steepest descent and congugate

      gradient) I found that they were not corrected. There is enough

      free space for the torsion angles to be corrected. <br>

      (I am sure of this because when I run the same structure in

      Insight it is able to correct them. Both programs give very

      similar structures with the major difference being the torsion

      angles.)<br>

      <br>

      Has this happened because Gromacs potentials do not penalize poor

      omega angles?</blockquote>

    <br>

    Peptide bonds ordinarily have improper dihedrals on them to keep

    them close to planar.<br>

    <br>

    <blockquote cite="mid:SNT140-w1549CA7E8381CE14A41777A3EB0@phx.gbl"

      type="cite"> Or have I done something wrong? (I have added by .mdp

      file at the end of the mail)<br>

      Is there a way besides applying a restraint to every torsion angle

      to induce Gromacs to correct them? <br>

    </blockquote>

    <br>

    EM is a local minimization method, and the result depends on the

    method and its parameters. Perhaps choosing a larger step size with

    steepest-descent algorithm will fix your issues.<br>

    <br>

    Mark<br>

    <br>

    <blockquote cite="mid:SNT140-w1549CA7E8381CE14A41777A3EB0@phx.gbl"

      type="cite"><br>

      Thank you in advance for you help,<br>

      Abdullah<br>

      <br>

      <br>

      <br>

      ;&nbsp;&nbsp;&nbsp; User spoel (236)<br>

      ;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Wed Nov&nbsp; 3 17:12:44 1993<br>

      ;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Input file<br>

      ;<br>

      cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; /usr/bin/cpp<br>

      define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; -DPOSRES&nbsp; <br>

      constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; none<br>

      integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; cg<br>

      nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 2000<br>

      ;<br>

      ;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Energy minimizing stuff<br>

      ;<br>

      emtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 2<br>

      emstep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.01<br>

      <br>

      nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1<br>

      ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; grid<br>

      rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1<br>

      rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1<br>

      rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1<br>

      Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; no<br>

      Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; no<br>

      gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; no<br>

      <br>

    </blockquote>

    <br>

  </body>

</html>