<div>Tsjerk,</div><div><br></div>Sorry for asking that .. actually I made a silly mistake while selecting residues.. After plotting the graphs for common regions I found that first 100 amino acids shows a lot of fluctuations (compared to the one without any loop insertion) ... Does the insertion caused a great change in the over topology ... what could be the answer for this ?? ... <div>
<br></div><div>Is there any other way to check the effect loop insertion on the topology of protein ... I heard of essential dynamics method and I asked u earlier about the same .. u told me that 3ns time is small for such analysis but I have found a paper (published in 1999) that has done ED analysis on a 1ns simulated trajectory .. Whether doing such analysis for my data will be acceptable ??</div>
<div><br></div><div>I also want to know how can I calculate the distance between two beta strands (which are connected by a loop) ...<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Feb 8, 2011 at 9:26 PM, Tsjerk Wassenaar <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:tsjerkw@gmail.com">tsjerkw@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">We can&#39;t know that. We don&#39;t have your files (and we don&#39;t want them).<br>
Check what you did, and what index groups you have. Write out the<br>
structure for the index group and have a look. We&#39;re not a substitute<br>
for your brain here... :p<br>
<br>
Cheers,<br>
<font color="#888888"><br>
Tsjerk<br>
</font><div><div></div><div class="h5"><br>
On Wed, Feb 9, 2011 at 6:20 AM, bharat gupta &lt;<a href="mailto:bharat.85.monu@gmail.com">bharat.85.monu@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt; Thanks for the advice and while creating the index file for first 100 common<br>
&gt; residues it found that both structures shows different no.of atoms. .. how<br>
&gt; is that possible ??<br>
&gt;<br>
&gt; On Tue, Feb 8, 2011 at 9:00 PM, Tsjerk Wassenaar &lt;<a href="mailto:tsjerkw@gmail.com">tsjerkw@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Hi Bharat,<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; You can do it with post-processing the data you obtain from g_rmfs, if<br>
&gt;&gt; it&#39;s okay that the fit uses all residues in either case. Otherwise,<br>
&gt;&gt; you can make an two index files, including only the residues that are<br>
&gt;&gt; common to both.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Hope it helps,<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Tsjerk<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; On Wed, Feb 9, 2011 at 5:58 AM, bharat gupta &lt;<a href="mailto:bharat.85.monu@gmail.com">bharat.85.monu@gmail.com</a>&gt;<br>
&gt;&gt; wrote:<br>
&gt;&gt; &gt; I used the -res option ... and I got the rmsf in terms of residues but<br>
&gt;&gt; &gt; still<br>
&gt;&gt; &gt; the problem is that the two structures contain different amount of<br>
&gt;&gt; &gt; residues<br>
&gt;&gt; &gt; due to loop replacement in one structure.. In that case how shall<br>
&gt;&gt; &gt; proceed to<br>
&gt;&gt; &gt; check the effect of loop insertion on the overall topology of the<br>
&gt;&gt; &gt; protein..<br>
&gt;&gt; &gt; pls guide ??<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; On Tue, Feb 8, 2011 at 7:21 PM, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;<br>
&gt;&gt; &gt; wrote:<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; bharat gupta wrote:<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Actually after loop incorporation I want to check which region of the<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; protein shows much deviation , which I think can be done by plotting<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; rmsf<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; values from both proteins.. but the problem here is that one structure<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; which<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; contains loops has more no. of atoms as compared to other str. without<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; loop<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; insertion .. so which way it can be analyzed ??<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Also g_rmsf gives RMSF values for atoms of residues but not of<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; residues<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; how can I get the values for residues ..<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; Please read g_rmsf -h.<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; -Justin<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Pls help ??<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; On Tue, Feb 8, 2011 at 6:57 PM, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a><br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt; wrote:<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;    bharat gupta wrote:<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;        Hi,<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;        I want to calculate the RMSF of residues and not of protein ...<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;        how can this be done with g_rmsf..<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;        Also I want to see the rmsf of certain residues .. for which I<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;        created the .ndx file containint those residues only .. and<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;        after using g_rmsf with index file gives the RMSF for whole<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;        protein backbone and not for that index file residues ... what<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;        shall I do to have RMSF of index file residues ??<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;    The default output of g_rmsf is a plot of RMSF (of each residue)<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; vs.<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;    residue. No index file is required to obtain this, unless you want<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;    to do the fitting to some custom group.  Is this not what you want?<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;    -Justin<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;        --         Bharat<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;        Ph.D. Candidate<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;        Room No. : 7202A, 2nd Floor<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;        Biomolecular Engineering Laboratory<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;        Division of Chemical Engineering and Polymer Science<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;        Pusan National University<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;        Busan -609735<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;        South Korea<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;        Lab phone no. - +82-51-510-3680, +82-51-583-8343<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;        Mobile no. - 010-5818-3680<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;        E-mail : <a href="mailto:monu46010@yahoo.com">monu46010@yahoo.com</a> &lt;mailto:<a href="mailto:monu46010@yahoo.com">monu46010@yahoo.com</a>&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;        &lt;mailto:<a href="mailto:monu46010@yahoo.com">monu46010@yahoo.com</a> &lt;mailto:<a href="mailto:monu46010@yahoo.com">monu46010@yahoo.com</a>&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;    --     ========================================<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;    Justin A. Lemkul<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;    Ph.D. Candidate<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;    ICTAS Doctoral Scholar<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;    MILES-IGERT Trainee<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;    Department of Biochemistry<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;    Virginia Tech<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;    Blacksburg, VA<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;    jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; | (540) 231-9080<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;    <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;    ========================================<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;    --     gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;    <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;    Please search the archive at<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;    <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;    Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;    interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;    Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; --<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Bharat<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Ph.D. Candidate<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Room No. : 7202A, 2nd Floor<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Biomolecular Engineering Laboratory<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Division of Chemical Engineering and Polymer Science<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Pusan National University<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Busan -609735<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; South Korea<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Lab phone no. - +82-51-510-3680, +82-51-583-8343<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Mobile no. - 010-5818-3680<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; E-mail : <a href="mailto:monu46010@yahoo.com">monu46010@yahoo.com</a> &lt;mailto:<a href="mailto:monu46010@yahoo.com">monu46010@yahoo.com</a>&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; --<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; ========================================<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; Justin A. Lemkul<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; Ph.D. Candidate<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; ICTAS Doctoral Scholar<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; MILES-IGERT Trainee<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; Department of Biochemistry<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; Virginia Tech<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; Blacksburg, VA<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; ========================================<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; --<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt;&gt; &gt;&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt;&gt; &gt;&gt; Please search the archive at<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; --<br>
&gt;&gt; &gt; Bharat<br>
&gt;&gt; &gt; Ph.D. Candidate<br>
&gt;&gt; &gt; Room No. : 7202A, 2nd Floor<br>
&gt;&gt; &gt; Biomolecular Engineering Laboratory<br>
&gt;&gt; &gt; Division of Chemical Engineering and Polymer Science<br>
&gt;&gt; &gt; Pusan National University<br>
&gt;&gt; &gt; Busan -609735<br>
&gt;&gt; &gt; South Korea<br>
&gt;&gt; &gt; Lab phone no. - +82-51-510-3680, +82-51-583-8343<br>
&gt;&gt; &gt; Mobile no. - 010-5818-3680<br>
&gt;&gt; &gt; E-mail : <a href="mailto:monu46010@yahoo.com">monu46010@yahoo.com</a><br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; --<br>
&gt;&gt; &gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt;&gt; &gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt;&gt; &gt; Please search the archive at<br>
&gt;&gt; &gt; <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
&gt;&gt; &gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt;&gt; &gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt;&gt; &gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; --<br>
&gt;&gt; Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; post-doctoral researcher<br>
&gt;&gt; Molecular Dynamics Group<br>
&gt;&gt; * Groningen Institute for Biomolecular Research and Biotechnology<br>
&gt;&gt; * Zernike Institute for Advanced Materials<br>
&gt;&gt; University of Groningen<br>
&gt;&gt; The Netherlands<br>
&gt;&gt; --<br>
&gt;&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt;&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt;&gt; Please search the archive at<br>
&gt;&gt; <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
&gt;&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt;&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt;&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; Bharat<br>
&gt; Ph.D. Candidate<br>
&gt; Room No. : 7202A, 2nd Floor<br>
&gt; Biomolecular Engineering Laboratory<br>
&gt; Division of Chemical Engineering and Polymer Science<br>
&gt; Pusan National University<br>
&gt; Busan -609735<br>
&gt; South Korea<br>
&gt; Lab phone no. - +82-51-510-3680, +82-51-583-8343<br>
&gt; Mobile no. - 010-5818-3680<br>
&gt; E-mail : <a href="mailto:monu46010@yahoo.com">monu46010@yahoo.com</a><br>
&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; Please search the archive at<br>
&gt; <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
&gt;<br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.<br>
<br>
post-doctoral researcher<br>
Molecular Dynamics Group<br>
* Groningen Institute for Biomolecular Research and Biotechnology<br>
* Zernike Institute for Advanced Materials<br>
University of Groningen<br>
The Netherlands<br>
--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
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