<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
    Why don't you try simulated anealing instead? The you get a
    continous increase of the temprature over time.<br>
    <br>
    Erik<br>
    <br>
    bipin singh skrev 2011-02-09 12.27:
    <blockquote
      cite="mid:AANLkTi==Q+Ww8H_ntXgAH5sZFCGHHEK45HcF613NJ0pK@mail.gmail.com"
      type="cite">Hi,<br>
      <br>
      I want to run NVT equilibration for a protein molecule and want to
      increase temperature gradually i.e.<br>
      from 0 to 300 K over a 20 ps, but i have some doubts regarding
      this:<br>
      <br>
      1)Whether I should read velocities from previous steps of NVT
      during gradual heating or every time i have to generate velocities
      for the new temperature.<br>
      2)Whether the 20ps time is appropriate for this purpose.<br
        clear="all">
      <br>
      -- <br>
      <font color="#3333ff"><i><font face="arial, helvetica, sans-serif">
            <div>---------------------------------<br>
              Thanks and regards<br>
            </div>
            <div>
              <span style="font-family: arial; font-style: normal;"><i><font
                    face="arial, helvetica, sans-serif">Bipin Singh</font></i></span></div>
          </font></i></font>
      <div><font color="#3333ff" face="arial, helvetica, sans-serif"><i><br>
          </i></font></div>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
    <br>
    <pre class="moz-signature" cols="72">-- 
-----------------------------------------------
Erik Marklund, PhD student
Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.
Husargatan 3, Box 596,    75124 Uppsala, Sweden
phone:    +46 18 471 4537        fax: +46 18 511 755
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:erikm@xray.bmc.uu.se">erikm@xray.bmc.uu.se</a>    <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://folding.bmc.uu.se/">http://folding.bmc.uu.se/</a>
</pre>
  </body>
</html>