Dear gmx users,<br />
<br />
 I am using gromacs (version 4.0.7) first time<br />
 to setup a 2-butoxyethanol-water simulation.<br />
 I created topology and coordinate file for BE using AUTOMATED TOPOLOGY BUILDER server.<br />
It created a topology file (for united atom) compatible with GROMOS ffG53a6 forcefield.<br />
 Then a generated a box containing 20 BE and 480 water molecules using<br />
 genbox.<br />
<br />
 When I performed energy minimization followed by mdrun using NPT ensemble.<br />
I get<br />
<br />
Potential Energy  = -1.56616474544600e+04 <br />
Maximum force     =  9.72854664927673e+02 on atom 910<br />
<br />
<br />
Then, I run for 200ps equlibration using NPT ensemble with Berendsen <br />
thermostat and P coupling<br />
I want to use NVT ensemble for my calculations, so it is ok to switch from NPT to NVT ensemble during equilibration?<br />
First, I did equilibation for 200ps using NPT ensemble<br />
I get <br />
 Total Energy    Temperature Pressure (bar)  Cons. rmsd ()<br />
   -1.81617e+04    3.00167e+02   -4.32808e+00    0.00000e+00<br />
and,<br />
My box length changes from 2.7 nm to 2.6503 nm<br />
<br />
Then using state.cpt with mdrun I run for another 200ps using NVT settings in .mpd file ( I turn off the P-coupling).<br />
<br />
I use the following commands:<br />
I regenerated new .tpr file <br />
grompp_d_mpi -f grompp.mdp -c confout.gro -p topol.top -o topol.tpr<br />
<br />
mdrun_d_mpi -s topol.tpr -cpi state.cpt<br />
<br />
 Simulation is completed with warning<br />
<br />
WARNING: The checkpoint state entries do not match the simulation,<br />
         see the log file for details<br />
<br />
and Pressure again increases up to 60 bar<br />
<br />
 Total Energy    Temperature Pressure (bar)  Cons. rmsd ()<br />
   -1.82304e+04    2.99992e+02    6.20706e+01    0.00000e+00<br />
<br />
<br />
I want to know if this is a right procedure for switching ensemble.<br />
do i need to generate new velocities during second run using NVT ensemble?<br />
If this is correct, how can i reach the target of Pressure 1 bar using this approach?<br />
<br />
I am using following topology file:<br />
Can anyone please tell me if this topology is o.k to use<br />
<br />
<br />
; Include forcefield parameters<br />
#include "ffG53a6.itp"<br />
<br />
[ moleculetype ]<br />
; Name   nrexcl<br />
G269     3<br />
[ atoms ]<br />
;  nr  type  resnr  resid  atom  cgnr  charge    mass    total_charge<br />
    1    OE    1    G269      O    1   -0.345  15.9994<br />
    2   CH2    1    G269      C    1    0.151  14.0270<br />
    3   CH2    1    G269      C    1    0.194  14.0270      ;  0.000<br />
    4   CH2    1    G269      C    2    0.231  14.0270<br />
    5    OA    1    G269      O    2   -0.617  15.9994<br />
    6     H    1    G269      H    2    0.386   1.0080      ;  0.000<br />
    7   CH2    1    G269      C    3   -0.035  14.0270<br />
    8   CH2    1    G269      C    3    0.143  14.0270<br />
    9   CH3    1    G269      C    3   -0.108  15.0350      ; -0.000<br />
; total charge of the molecule:   0.000<br />
[ bonds ]<br />
;  ai   aj  funct   c0         c1<br />
    1    2    2   0.1430   8.1800e+06<br />
    1    3    2   0.1430   8.1800e+06<br />
    2    4    2   0.1520   5.4300e+06<br />
    3    7    2   0.1520   5.4300e+06<br />
    4    5    2   0.1430   8.1800e+06<br />
    5    6    2   0.1000   2.3200e+07<br />
    7    8    2   0.1530   7.1500e+06<br />
    8    9    2   0.1530   7.1500e+06<br />
[ pairs ]<br />
;  ai   aj  funct  ;  all 1-4 pairs but the ones excluded in GROMOS itp<br />
    1    5    1<br />
    1    8    1<br />
    2    6    1<br />
    2    7    1<br />
    3    4    1<br />
    3    9    1<br />
[ angles ]<br />
;  ai   aj   ak  funct   angle     fc<br />
    2    1    3    2    109.50   380.00<br />
    1    2    4    2    109.50   320.00<br />
    1    3    7    2    109.50   320.00<br />
    2    4    5    2    111.00   530.00<br />
    4    5    6    2    108.53   443.00<br />
    3    7    8    2    111.00   530.00<br />
    7    8    9    2    111.00   530.00<br />
[ dihedrals ]<br />
; GROMOS improper dihedrals<br />
;  ai   aj   ak   al  funct   angle     fc<br />
[ dihedrals ]<br />
;  ai   aj   ak   al  funct    ph0      cp     mult<br />
    3    1    2    4    1      0.00     1.26    3<br />
    2    1    3    7    1      0.00     1.26    3<br />
    1    2    4    5    1      0.00     2.53    3<br />
    1    3    7    8    1      0.00     3.77    3<br />
    2    4    5    6    1      0.00     1.26    3<br />
    3    7    8    9    1      0.00     3.77    3<br />
[ exclusions ]<br />
;  ai   aj  funct  ;  GROMOS 1-4 exclusions<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
; Include water topology<br />
#include "spce.itp"<br />
[ system ]<br />
; Name<br />
BE in Water<br />
<br />
[ molecules ]<br />
; Compound      #mols<br />
G269              20<br />
SOL               480<br />
<br />
Please help me in this regard.<br />
<br />
Thanks and Regards,<br />
Rini<br />
<br />
----------------<br />
Dr. Rini Gupta<br />
Postdoctoral Fellow<br />
University of British Columbia<br />
Vancouver<br />
<br />
<br />
<br><Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style="font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;"><TR><td><A HREF="http://sigads.rediff.com/RealMedia/ads/click_nx.ads/www.rediffmail.com/signatureline.htm@Middle?" target="_blank"><IMG SRC="http://sigads.rediff.com/RealMedia/ads/adstream_nx.ads/www.rediffmail.com/signatureline.htm@Middle"></A></td></TR></Table>