<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#ffffff">
    On 9/02/2011 4:56 PM, bipin singh wrote:
    <blockquote
      cite="mid:AANLkTinBYW=i1iAOn8sDGcBfjuxv=W8y=QrZukjXUvo7@mail.gmail.com"
      type="cite">Sir,<br>
      Actually ARG is present as a ligand bound to RNA molecule....<br>
    </blockquote>
    <br>
    Then you've got work to do. pdb2gmx copes well with linear polymers
    of predefined monomers, which you don't have. You will need to
    become very conversant with chapter 5 of the manual. Various how-tos
    on the wiki will help too.<br>
    <br>
    One solution is to generate a topology for base-bound-to-arginine by
    hand based on the building blocks in the respective .rtp files.
    Check that topology is useful for vacuum MD of that hybrid residue.
    Then modify it to be a new .rtp entry, update the forcefield
    database accordingly. Only then can pdb2gmx deal with it.<br>
    <br>
    Another is to use AMBER's leap module to generate a topology for
    base-bound-to-arginine, and convert the topology representation
    somehow (IIRC there might be a tool for that). Then proceed as
    above.<br>
    <br>
    Mark<br>
    <br>
    <blockquote
      cite="mid:AANLkTinBYW=i1iAOn8sDGcBfjuxv=W8y=QrZukjXUvo7@mail.gmail.com"
      type="cite">On Wed, Feb 9, 2011 at 11:16, Mark Abraham <span
        dir="ltr">&lt;<a moz-do-not-send="true"
          href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span>
      wrote:<br>
      <div class="gmail_quote">
        <blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt
          0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204);
          padding-left: 1ex;">
          <div class="im">On 8/02/2011 9:27 PM, bipin singh wrote:<br>
            <blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt
              0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204);
              padding-left: 1ex;">
              Hi all,<br>
              I am getting following during while running<br>
              pdb2gmx for a RNA molecule....i am using amber99sb force
              field parameters<br>
              <br>
              The details of the error is as:<br>
              <br>
              Fatal error:<br>
              In the chosen force field there is no residue type for
              'ARG' as a starting terminus<br>
              For more information and tips for troubleshooting, please
              check the GROMACS<br>
              website at <a moz-do-not-send="true"
                href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors"
                target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</a><br>
            </blockquote>
            <br>
          </div>
          Sounds like you have an arginine residue. Why?<br>
          <br>
          Mark<br>
          <font color="#888888">
            -- <br>
            gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a moz-do-not-send="true"
              href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
            <a moz-do-not-send="true"
              href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users"
              target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
            Please search the archive at <a moz-do-not-send="true"
              href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search"
              target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a>
            before posting!<br>
            Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use
            the www interface or send it to <a moz-do-not-send="true"
              href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org"
              target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
            Can't post? Read <a moz-do-not-send="true"
              href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists"
              target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
          </font></blockquote>
      </div>
      <br>
      <br clear="all">
      <br>
      -- <br>
      <font color="#3333ff"><i><font face="arial, helvetica, sans-serif">
            <div>---------------------------------<br>
              Thanks and regards<br>
            </div>
            <div><span style="font-family: arial; font-style: normal;"><i><font
                    face="arial, helvetica, sans-serif">Bipin Singh</font></i></span></div>
          </font></i></font>
      <div><font color="#3333ff" face="arial, helvetica, sans-serif"><i><br>
          </i></font></div>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>