<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Tahoma
}
--></style>
</head>
<body class='hmmessage'>
<font class="Apple-style-span" face="Tahoma" size="2">Hello,&nbsp;</font><div style="font-family: Tahoma; font-size: 10pt; "><br></div><div style="font-family: Tahoma; font-size: 10pt; ">I would like to know if gromacs is designed to try and keep as close to the original structure as much as possible?&nbsp;</div><div style="font-family: Tahoma; font-size: 10pt; ">After minimizing a structure with phenyl-alanines I realized that a better minimization could be achieved if the rotamer had been changed during the minimization. However I have been unable to induce gromacs to do this on its own during minimization.&nbsp;</div><div style="font-family: Tahoma; font-size: 10pt; ">I could of course, change the original structure but I prefer not to.&nbsp;</div><div style="font-family: Tahoma; font-size: 10pt; "><br></div><div style="font-family: Tahoma; font-size: 10pt; ">Thank you in advance,&nbsp;</div><div style="font-family: Tahoma; font-size: 10pt; ">Abdullah Ahmed</div><div style="font-family: Tahoma; font-size: 10pt; "><br></div><div style="font-family: Tahoma; font-size: 10pt; ">My .mdp file is as follows:&nbsp;</div><div style="font-family: Tahoma; font-size: 10pt; "><br></div><div><div><font class="Apple-style-span" face="Tahoma" size="2">;</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Tahoma" size="2">;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>User spoel (236)</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Tahoma" size="2">;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Wed Nov &nbsp;3 17:12:44 1993</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Tahoma" size="2">;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Input file</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Tahoma" size="2">;</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Tahoma" size="2">;</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Tahoma" size="2">cpp &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;/usr/bin/cpp</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Tahoma" size="2">define &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;-DPOSRES &nbsp;</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Tahoma" size="2">constraints &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;none</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Tahoma" size="2">integrator &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;steep</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Tahoma" size="2">nsteps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;2000</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Tahoma" size="2">;</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Tahoma" size="2">; Energy minimizing stuff:</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Tahoma" size="2">;</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Tahoma" size="2">emtol &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;0.2</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Tahoma" size="2">emstep &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;0.001</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Tahoma" size="2"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Tahoma" size="2">nstcomm &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;1</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Tahoma" size="2">ns_type &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;grid</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Tahoma" size="2">rlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;1</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Tahoma" size="2">rcoulomb &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;1</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Tahoma" size="2">rvdw &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;1</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Tahoma" size="2">Tcoupl &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;no</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Tahoma" size="2">Pcoupl &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;no</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Tahoma" size="2">gen_vel &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;no</font></div></div>                                               </body>
</html>