Hello users,<br>I have some doubt regarding the reference temperature(ref_temp)option  during simulated annealing, i mean in the 
.mdp for simulated annealing what should be the correct ref_temp i.e. 0 K(starting temerature)
 or the target temperature(328K) and accordingly what should be the value for gen_temp(0K or 328K).<br>
<br>The part of my mdp file for the simulated annealing is as follows:<br><br>;Annealing<br>annealing=single<br>annealing_temp=0 20 40 60 80 100 120 140 160 180 200 220 240 260 280 300 320 328<br>annealing_npoints=18<br>
annealing_time=0 20 40 60 80 100 120 140 160 180 200 220 240 260 280 300 320 340<br>;Temperature coupling is on in two groups<br>Tcoupl= V-rescale<br>tau_t= 0.1<br>tc-grps= System<br>ref_t= 328<br>pbc= xyz   ; 3-D PBC<br>
; Pressure coupling is off<br>pcoupl  = no ; no pressure coupling in NVT<br>compressibility= 4.5e-5<br>; Generate velocites is on at 328 K.<br>gen_vel= yes ; assign velocities from Maxwell distribution<br>gen_temp= 328.0 ; temperature for Maxwell distribution<br>
gen_seed= 173529;generate a random seed<br><br><br>-- <br><font color="#3333ff"><i><font face="arial, helvetica, sans-serif"><div>---------------------------------<br>Thanks and regards<br></div><div><span style="font-family: arial; font-style: normal;"><i><font face="arial, helvetica, sans-serif">Bipin Singh</font></i></span></div>
</font></i></font><div><font color="#3333ff" face="arial, helvetica, sans-serif"><i><br></i></font></div><br>