<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Tahoma
}
--></style>
</head>
<body class='hmmessage'>
<meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8"><span class="Apple-style-span" style="color: rgb(42, 42, 42); font-family: Tahoma, Verdana, Arial, sans-serif; "><pre style="line-height: 17px; white-space: normal; ">Hello gromacs users,&nbsp;</pre><pre style="line-height: 17px; white-space: normal; ">I have asked this question before but perhaps I was not clear enough.&nbsp;I noticed that in Gromacs verisons 4.5.3 and 3.3.4 when the initial structure&nbsp;has some side chains located very close to each other then after&nbsp;energy minimisation they become distorted (for example, Phe ring is not&nbsp;flat, and for Leu some hydrogen atoms move away from the rest of the side chain).</pre><pre style="line-height: 17px; white-space: normal; ">I realize that these problems are probably due very close packing of the sidechains in the initial structure.&nbsp;</pre><pre style="line-height: 17px; white-space: normal; ">But I hope to keep the&nbsp;close contacts in the initial structure and obtain correct&nbsp;stereochemistry of the molecule after the minimisation. Is this possible?&nbsp;</pre><pre style="line-height: 17px; white-space: normal; ">Sorry for bothering you again and thank you in advance for your help,</pre><pre style="line-height: 17px; white-space: normal; ">Abdullah Ahmed</pre></span>                                               </body>
</html>