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<body class='hmmessage'>
I made the changes to ../gromacs/top/residuetypes.dat<br><br>the Make_ndx output:<br><br>&nbsp; 0 System&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 34023 atoms<br>&nbsp; 1 DNA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp; 650 atoms<br>&nbsp; 2 DGO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp;&nbsp; 66 atoms<br>&nbsp; 3 K&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp;&nbsp; 43 atoms<br>&nbsp; 4 CL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21 atoms<br>&nbsp; 5 Other&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp;&nbsp; 66 atoms<br>&nbsp; 6 DGO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp;&nbsp; 66 atoms<br>&nbsp; 7 K&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp;&nbsp; 43 atoms<br>&nbsp; 8 CL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21 atoms<br>&nbsp; 9 Ion&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp;&nbsp; 64 atoms<br>&nbsp;10 DGO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp;&nbsp; 66 atoms<br>&nbsp;11 K&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp;&nbsp; 43 atoms<br>&nbsp;12 CL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21 atoms<br>&nbsp;13 Water&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 33243 atoms<br>&nbsp;14 SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 33243 atoms<br>&nbsp;15 non-Water&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp; 780 atoms<br>&nbsp;16 Water_and_ions&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 33307 atoms<br><br>This system consists of a 22 residue DNA molecule, two of which are DGO, each have 33 atoms.<br><br>I also do not understand why DGO is repeated three times.<br><br>Thanks again<br><br>will<br><br><br>&gt; Date: Fri, 11 Feb 2011 12:08:52 -0500<br>&gt; From: jalemkul@vt.edu<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Subject: Re: [gmx-users] Add custom residue to DNA index group<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; william Stebbeds wrote:<br>&gt; &gt; Indeed I did<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; DGO  DNA<br>&gt; &gt; <br>&gt; <br>&gt; Did you make the change system-wide, or in a local directory?  If the latter, <br>&gt; you have to issue all your commands in that same directory or else the default <br>&gt; residuetypes.dat (in GMXLIB) will be read.<br>&gt; <br>&gt; Can you post the make_ndx output (i.e. list of groups)?<br>&gt; <br>&gt; -Justin<br>&gt; <br>&gt; &gt; Cheers<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Will<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt;  &gt; Date: Fri, 11 Feb 2011 17:57:32 +0100<br>&gt; &gt;  &gt; Subject: RE: [gmx-users] Add custom residue to DNA index group<br>&gt; &gt;  &gt; From: dsarath@gwdg.de<br>&gt; &gt;  &gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt;  &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; Thanks for the quick reply,<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; I have already done that, and GROMACS, in all other cases, knows it is<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; DNA, as it automatically forms the bonds with other residues.<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; it is only when it makes its index files that it doesnt know that my<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; residue is DNA.<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; Did you make the change in residuetypes.dat file.<br>&gt; &gt;  &gt; add your residues XXX as DNA in the residuetypes.dat file<br>&gt; &gt;  &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; eq: XXX DNA<br>&gt; &gt;  &gt;<br>&gt; &gt;  &gt;<br>&gt; &gt;  &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; Best Wishes,<br>&gt; &gt;  &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; Sarath<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; Cheers<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; Will<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; Date: Sat, 12 Feb 2011 03:33:15 +1100<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; From: Mark.Abraham@anu.edu.au<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; Subject: Re: [gmx-users] Add custom residue to DNA index group<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; Message body<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; On 12/02/2011 3:14 AM, william Stebbeds wrote:<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; Hi Folks,<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; I have added a custom DNA residue to the amber99sb ff, and<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; everything works perfectly, (thanks to Justin!).<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; The residue is incorporated perfectly into the sequence, with no<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; abnormal events during simulations. I have updated all the files<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; to include the new residue.<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; I have since realised, when using g_rms, that my custom residue is<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; not included in the default DNA index group, and appears as a<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; group on its own.<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; Is there a way of making gromacs understand that this residue is<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; DNA when it makes the index files?<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; I am not using make_ndx, I just let gromacs split the groups.<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; Thanks in advance<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; Will - Cranfield University<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; You need to arrange for the tools to access a modified form of<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; share/gromacs/top/residuetypes.dat with your custom residue suitably<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; classified. I understand you can copy that file to your working<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; directory and modify it there, and GROMACS will use the local copy.<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; Mark<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; --<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; Please search the archive at<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; --<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; Please search the archive at<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists<br>&gt; &gt;  &gt;<br>&gt; &gt;  &gt;<br>&gt; &gt;  &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; --<br>&gt; &gt;  &gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt;  &gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt;  &gt; Please search the archive at <br>&gt; &gt; http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br>&gt; &gt;  &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; &gt;  &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt;  &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists<br>&gt; &gt; <br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; ========================================<br>&gt; <br>&gt; Justin A. Lemkul<br>&gt; Ph.D. Candidate<br>&gt; ICTAS Doctoral Scholar<br>&gt; MILES-IGERT Trainee<br>&gt; Department of Biochemistry<br>&gt; Virginia Tech<br>&gt; Blacksburg, VA<br>&gt; jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br>&gt; http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin<br>&gt; <br>&gt; ========================================<br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists<br>                                               </body>
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