<p>Hi,</p>
<p>The error message says the number of atoms in the first frame is not what was expected. That indicates the reference structure didn&#39;t match, which suggests the pdb file with the fitted structures wasn&#39;t used as reference. Solution: give the fitted structures both as reference (-s) and as trajectory (-f) with trjconv.</p>

<p>Cheers,</p>
<p>Tsjerk</p>
<p><blockquote type="cite">On Feb 12, 2011 2:19 AM, &quot;Mark Abraham&quot; &lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt; wrote:<br><br>

  
    
  
  <div text="#000000" bgcolor="#ffffff"><p><font color="#500050">On 12/02/2011 3:45 AM, Kwee Hong wrote:
&gt;
&gt; Hi Mark,
&gt;
&gt; I tried but with this error:
&gt;
&gt; Fatal erro...</font></p>
    OK. I don&#39;t know why two frames with different numbers of atoms are
    written. Maybe g_confrms -one is useful. Or you can chop apart the
    PDB by hand in a text editor.<br><font color="#888888">
    <br>
    Mark</font><p><font color="#500050">

&gt; ________________________________
&gt; From: Mark Abraham &lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;
&gt; To: Discussion...</font></p></div>

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