Dear All<br><br>I want to evaluate the binding free energy of protein-dryg.<br><br>My protein has so many atoms(5000 atoms),it make running too long.<br>I want to use Umbrella sampling for this.<br><br>Can I separate active site of protein (a radious of 3 nm around of my drug )and do my work on this system?<br>
Thanks in advance for your guidances.<br>Mohsen<br>