<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">

<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
  <head>
    <meta content="text/html; charset=UTF-8" http-equiv="Content-Type" />
    <title></title>
  </head>

  <body>
    <p style="margin: 0px;">Hi all,</p>

    <p style="margin: 0px;">&#160;</p>

    <p style="margin: 0px;">I have been testing the ability of taking a sphere of a protein around a ligand, and positionally restrain the specified alpha carbons. I was hoping to keep non connected protein chains from drifting apart. I have been able to run these md/fep jobs, but I get huge interaction energies for the ligand, which has no positional restraints on it. I also don&#39;t restrain any atoms within the rvdw, rcoulomb and rlist radii. Am I thinking this is a possibility when it is physically impossible to simulate?</p>

    <p style="margin: 0px;">&#160;</p>

    <p style="margin: 0px;">Currently I am selecting all residues around the ligand that have an atom within 20 Angstroms. I then save this as a pdb file and then run it through pdb2gmx, manually create a posres.itp file for each &quot;chain&quot; with their first and last residue&#39;s alpha carbon. Once I turn off these positional restraints the FEP energies drop down to &quot;normal&quot; levels.</p>

    <p style="margin: 0px;">&#160;</p>

    <p style="margin: 0px;">Does anyone have an idea what is happening?</p>
    <br />
    And if you do, can you please give a recommendation?<br />
    <br />
    Thank you,<br />
    TJ Mustard<br />
    mustardt@onid.orst.edu<br />
  </body>
</html>