<br />
 Hello Mark,<br />
<br />
        Thanks for the reply.<br />
<br />
I tried to first make a box using editconf<br />
editconf_d_mpi -f conf.gro -o be.gro -bt cubic -box 2.7 2.7 2.7<br />
<br />
Box is successfully created and then I use <br />
<br />
genbox_d_mpi -cp be.gro -p topol.top -ci be.gro -nmol 19 -o out.gro<br />
<br />
still, I  am getting only one BE molecule instead of 19.<br />
<br />
 What can I do now? Is there possibilty that my .gro file is not correct.<br />
<br />
Best Regards,<br />
Rini<br />
 <br />
On Sat, 12 Feb 2011 06:58:49 +0530  wrote<br />
><br />
  <br />
    <br />
  <br />
  <br />
    On 12/02/2011 7:51 AM, Rini Gupta wrote:<br />
    Dear gmx users,<br />
<br />
      <br />
<br />
      I am using gromacs (version 4.0.7) <br />
<br />
      to setup a 2-butoxyethanol-water simulation.<br />
<br />
      I created topology and coordinate file (.pdb) for BE using<br />
      AUTOMATED TOPOLOGY BUILDER server.<br />
<br />
      It created a topology file (for united atom) compatible with<br />
      GROMOS ffG53a6 forcefield.<br />
<br />
      I want to generate a box containing 20 BE and 480 water molecules<br />
      using<br />
<br />
      genbox but it fails to do so. It generates a box only with 1 BE<br />
      instead of 20 but successfully adding requested no. of water<br />
      molecules. <br />
<br />
      <br />
<br />
      I used the following command:<br />
<br />
      <br />
<br />
      <br />
<br />
      genbox_d_mpi -cp conf.gro -cs spc216.gro -p topol.top -box 2.7 2.7<br />
      2.7 -ci conf.gro -nmol 19 -maxsol 480 -o out.gro<br />
<br />
      <br />
<br />
      Then I got the mesaage:<br />
<br />
      <br />
<br />
      Reading solute configuration<br />
<br />
      UNITED ATOM STRUCTURE FOR MOLECULE<br />
<br />
      Containing 9 atoms in 1 residues<br />
<br />
      Initialising van der waals distances...<br />
<br />
      Reading molecule configuration <br />
<br />
      UNITED ATOM STRUCTURE FOR MOLECULE<br />
<br />
      Containing 9 atoms in 1 residue<br />
<br />
      Initialising van der waals distances...<br />
<br />
      Try 5699<br />
<br />
      Added 0 molecules (out of 19 requested) of G2<br />
<br />
      Reading solvent configuration<br />
<br />
      "216H2O,WATJP01,SPC216,SPC-MODEL,300K,BOX(M)=1.86206NM,WFVG,MAR.<br />
      1984"<br />
<br />
      solvent configuration contains 648 atoms in 216 residues<br />
<br />
      <br />
<br />
      Initialising van der waals distances...<br />
<br />
      Will generate new solvent configuration of 2x2x2 boxes<br />
<br />
      Generating configuration<br />
<br />
      Sorting configuration<br />
<br />
      Found 1 molecule type:<br />
<br />
      SOL ( 3 atoms): 1728 residues<br />
<br />
      Calculating Overlap...<br />
<br />
      box_margin = 0.315<br />
<br />
      Removed 1992 atoms that were outside the box<br />
<br />
      Neighborsearching with a cut-off of 0.45<br />
<br />
      Table routines are used for coulomb: FALSE<br />
<br />
      Table routines are used for vdw: FALSE<br />
<br />
      Cut-off's: NS: 0.45 Coulomb: 0.45 LJ: 0.45<br />
<br />
      System total charge: 0.000<br />
<br />
      Grid: 8 x 8 x 8 cells<br />
<br />
      Succesfully made neighbourlist<br />
<br />
      nri = 10648, nrj = 270745<br />
<br />
      Checking Protein-Solvent overlap: tested 509 pairs, removed 72<br />
      atoms.<br />
<br />
      Checking Solvent-Solvent overlap: tested 39413 pairs, removed 738<br />
      atoms.<br />
<br />
      Added 480 molecules<br />
<br />
      Generated solvent containing 1440 atoms in 480 residues<br />
<br />
      Writing generated configuration to out.gro<br />
<br />
      <br />
<br />
      <br />
<br />
      While searching through mailing list I tried to do this in two<br />
      separate steps i.e. but using -ci -nmol option and then solvating<br />
      the box using -cs spc216.gro, but problem remain the same.<br />
<br />
      I also tried increasing -try option and increasing the box size<br />
      but still it is creating box with only one solute BE instead od<br />
      20.<br />
<br />
    <br />
    <br />
<br />
    You're definitely trying to do too many things in one operation. I<br />
    suggest<br />
<br />
    <br />
<br />
    1. Use editconf to define a suitably big box around a single BE<br />
    molecule.<br />
<br />
    <br />
<br />
    2. Use genbox -ci -nmol 19<br />
<br />
    <br />
<br />
    3. Use genbox -cs -cp<br />
<br />
    <br />
<br />
    Or use genconf -shuffle to replace 1 and 2 (but this is less random)<br />
<br />
    <br />
<br />
    Mark<br />
<br />
    <br />
<br />
    <br />
      <br />
<br />
      Can anyone please tell me what I am doing wrong here.<br />
<br />
      <br />
<br />
      I using following topology file:<br />
<br />
      <br />
<br />
      [ moleculetype ]<br />
<br />
      ; Name nrexcl<br />
<br />
      G269 3<br />
<br />
      [ atoms ]<br />
<br />
      ; nr type resnr resid atom cgnr charge mass total_charge<br />
<br />
      1 OE 1 G2 OE 1 -0.345 15.9994<br />
<br />
      2 CH2 1 G2 C 1 0.151 14.0270<br />
<br />
      3 CH2 1 G2 C 1 0.194 14.0270 ; 0.000<br />
<br />
      4 CH2 1 G2 C 2 0.231 14.0270<br />
<br />
      5 OA 1 G2 O 2 -0.617 15.9994<br />
<br />
      6 H 1 G2 H 2 0.386 1.0080 ; 0.000<br />
<br />
      7 CH2 1 G2 C 3 -0.035 14.0270<br />
<br />
      8 CH2 1 G2 C 3 0.143 14.0270<br />
<br />
      9 CH3 1 G2 CA 3 -0.108 15.0350 ; -0.000<br />
<br />
      ; total charge of the molecule: 0.000<br />
<br />
      [ bonds ]<br />
<br />
      ; ai aj funct c0 c1<br />
<br />
      1 2 2 0.1430 8.1800e+06<br />
<br />
      1 3 2 0.1430 8.1800e+06<br />
<br />
      2 4 2 0.1520 5.4300e+06<br />
<br />
      3 7 2 0.1520 5.4300e+06<br />
<br />
      4 5 2 0.1430 8.1800e+06<br />
<br />
      5 6 2 0.1000 2.3200e+07<br />
<br />
      7 8 2 0.1530 7.1500e+06<br />
<br />
      8 9 2 0.1530 7.1500e+06<br />
<br />
      [ pairs ]<br />
<br />
      ; ai aj funct ; all 1-4 pairs but the ones excluded in GROMOS itp<br />
<br />
      1 5 1<br />
<br />
      1 8 1<br />
<br />
      2 6 1<br />
<br />
      2 7 1<br />
<br />
      3 4 1<br />
<br />
      3 9 1<br />
<br />
      [ angles ]<br />
<br />
      ; ai aj ak funct angle fc<br />
<br />
      2 1 3 2 109.50 380.00<br />
<br />
      1 2 4 2 109.50 320.00<br />
<br />
      1 3 7 2 109.50 320.00<br />
<br />
      2 4 5 2 111.00 530.00<br />
<br />
      4 5 6 2 108.53 443.00<br />
<br />
      3 7 8 2 111.00 530.00<br />
<br />
      7 8 9 2 111.00 530.00<br />
<br />
      [ dihedrals ]<br />
<br />
      ; GROMOS improper dihedrals<br />
<br />
      ; ai aj ak al funct angle fc<br />
<br />
      [ dihedrals ]<br />
<br />
      ; ai aj ak al funct ph0 cp mult<br />
<br />
      3 1 2 4 1 0.00 1.26 3<br />
<br />
      2 1 3 7 1 0.00 1.26 3<br />
<br />
      1 2 4 5 1 0.00 2.53 3<br />
<br />
      1 3 7 8 1 0.00 3.77 3<br />
<br />
      2 4 5 6 1 0.00 1.26 3<br />
<br />
      3 7 8 9 1 0.00 3.77 3<br />
<br />
      [ exclusions ]<br />
<br />
      ; ai aj funct ; GROMOS 1-4 exclusions<br />
<br />
      <br />
<br />
      <br />
<br />
      Thanks and Regards,<br />
<br />
      Rini<br />
<br />
      <br />
<br />
      <br />
<br />
      <br />
<br />
      ----------------<br />
<br />
      Dr. Rini Gupta<br />
<br />
      Postdoctoral Fellow<br />
<br />
      University of British Columbia<br />
<br />
      Vancouver<br />
<br />
      <br />
<br />
      <br />
<br />
      <br />
<br />
      <br />
<br />
      <br />
        <br />
          <br />
            <br />
          <br />
        <br />
      <br />
    <br />
    <br />
<br />
  <br />
<br />
-- <br />
<br />
gmx-users mailing list  gmx-users@gromacs.org<br />
<br />
http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br />
<br />
Please search the archive at http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br />
<br />
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br />
<br />
www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br />
<br />
Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists<br />
<br><Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style="font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;"><TR><td><A HREF="http://sigads.rediff.com/RealMedia/ads/click_nx.ads/www.rediffmail.com/signatureline.htm@Middle?" target="_blank"><IMG SRC="http://sigads.rediff.com/RealMedia/ads/adstream_nx.ads/www.rediffmail.com/signatureline.htm@Middle"></A></td></TR></Table>