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  <body>
    <p style="margin: 0px;"><span>&#160;</span></p>

    <div style="margin: 5px 0px 5px 0px;">
      <br />
       On February 12, 2011 at 5:35 PM Mark Abraham &lt;Mark.Abraham@anu.edu.au&gt; wrote:<br />
      <br />

      <blockquote type="cite" style="margin-left: 0px; padding-left: 10px; border-left: solid 1px blue;">
        On 13/02/2011 11:49 AM, TJ Mustard wrote: 

        <blockquote type="cite">
          <p style="margin: 0px;">Hi all,</p>

          <p style="margin: 0px;">&#160;</p>

          <p style="margin: 0px;">I have been testing the ability of taking a sphere of a protein around a ligand, and positionally restrain the specified alpha carbons. I was hoping to keep non connected protein chains from drifting apart. I have been able to run these md/fep jobs, but I get huge interaction energies for the ligand, which has no positional restraints on it. I also don&#39;t restrain any atoms within the rvdw, rcoulomb and rlist radii. Am I thinking this is a possibility when it is physically impossible to simulate?</p>
        </blockquote><br />
         I doubt it.<br />
         &#160;<br />

        <blockquote type="cite">
          <p style="margin: 0px;">Currently I am selecting all residues around the ligand that have an atom within 20 Angstroms. I then save this as a pdb file and then run it through pdb2gmx, manually create a posres.itp file for each &quot;chain&quot; with their first and last residue&#39;s alpha carbon. Once I turn off these positional restraints the FEP energies drop down to &quot;normal&quot; levels.</p>

          <p style="margin: 0px;">&#160;</p>

          <p style="margin: 0px;">Does anyone have an idea what is happening?</p>
          <br />
           And if you do, can you please give a recommendation?<br />
        </blockquote><br />
         I&#39;d guess you&#39;re not restraining how you think you are :-) Bear in mind that position restraints are indexed relative to a [moleculetype] (and must be #included there), and not the whole system.
      </blockquote>
    </div>

    <p style="margin: 0px;">&#160;</p>

    <p style="margin: 0px;">First I tried setting this globally it the .top file with the numbering corresponding to the atoms in question there, but found that the .top file only runs the solvent molecules and all of my reference atoms were outside the parameters (atoms 1-3 for water).</p>

    <p style="margin: 0px;">&#160;</p>

    <p style="margin: 0px;">Then I setup the restraints argument in the Protein_chain_A.itp.itp file to reference the posre_Protein_ends_chain_A.itp file I made.</p>
    <br />
    ; Include Position restraint file<br />
    #ifdef POSRES_PROTEIN<br />
    #include &quot;posre_Protein_ends_chain_A.itp&quot;<br />
    #endif<br />
    <br />

    <p style="margin: 0px;">In the posre_Protein_ends_chain_A.itp file I entered the alpha-C atoms (2 total both the first residue and last) for the protein.</p>

    <p style="margin: 0px;">&#160;</p>

    <p style="margin: 0px;">[ position_restraints ]<br />
     ; atom&#160; type&#160;&#160;&#160;&#160;&#160; fx&#160;&#160;&#160;&#160;&#160; fy&#160;&#160;&#160;&#160;&#160; fz<br />
     &#160;&#160;&#160;&#160; 5&#160;&#160;&#160;&#160; 1&#160; 1000&#160; 1000&#160; 1000<br />
     &#160;&#160; 262&#160;&#160;&#160;&#160; 1&#160; 1000&#160; 1000&#160; 1000</p>

    <p style="margin: 0px;">&#160;</p>
    <br />

    <div style="margin: 5px 0px 5px 0px;">
      <blockquote type="cite" style="margin-left: 0px; padding-left: 10px; border-left: solid 1px blue;">
        The combination of g_select and genrestr is probably a more reliable and documentable way to generate your position restraints.<br />
      </blockquote>
    </div>

    <p style="margin: 0px;">&#160;</p>

    <p style="margin: 0px;">I tried using genrestr directly and found that the selection was limited to the presets. I then tried to run a make_ndx to select the residues that were the starting and terminating ends, but I don&#39;t know how and if this program can do this task. I could manually find the residue numbers and input them directly but knowing that I was looking to restrain 6 atoms I decided to do it manually.</p>

    <p style="margin: 0px;">&#160;</p>

    <p style="margin: 0px;">I have yet to look at g_select, as I am just seeing if this idea would work before I start making a automated script for this.</p>

    <p style="margin: 0px;">&#160;</p>

    <p style="margin: 0px;">Would there be a better way to hold these atoms in the respective locations. I could hold there distances constant.</p>

    <p style="margin: 0px;">&#160;</p>

    <p style="margin: 0px;">&#160;</p>

    <p style="margin: 0px;">TJ Mustard</p>

    <p style="margin: 0px;">&#160;</p>

    <div style="margin: 5px 0px 5px 0px;">
      <blockquote type="cite" style="margin-left: 0px; padding-left: 10px; border-left: solid 1px blue;">
        Mark<br />
      </blockquote>
    </div>

    <p style="margin: 0px;">&#160;</p>

    <p style="font-family: monospace; white-space: nowrap; margin: 5px 0px 5px 0px;">TJ Mustard<br />
    Email: mustardt@onid.orst.edu</p>
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