Dear Dr.Justin<br><br>I couldn&#39;t find any tutorial for doing free energy cycles with gromacs.<br>Then I was forced to select Umbrella sampling,I read your toturial and it was very useful for me.I know it approximately good now. <br>
Please let me know if there are any tutorial for free energy cycles.<br>I want to learn how I can do this.<br>Thanks in advance for your guidance<br> <br><br><div class="gmail_quote">On Sat, Feb 12, 2011 at 4:50 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="im"><br>
<br>
mohsen ramezanpour wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Dear All<br>
<br>
I want to evaluate the binding free energy of protein-dryg.<br>
<br>
My protein has so many atoms(5000 atoms),it make running too long.<br>
I want to use Umbrella sampling for this.<br>
<br>
Can I separate active site of protein (a radious of 3 nm around of my drug )and do my work on this system?<br>
</blockquote>
<br></div>
I would think that such a fractured system would suffer from a number of unpredictable artifacts.  Protein structure is fairly sensitive, so you&#39;d have to apply lots of artificial restraints to preserve geometry, but then what if even small conformational changes are needed to for the protein to properly bind the drug?<br>

<br>
Umbrella sampling is one of the more laborious ways of calculating binding energies.  Free energy cycles would probably be significantly more efficient, since you can use a smaller box size and (in all likelihood) run shorter simulations that still converge.<br>

<br>
-Justin<div class="im"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Thanks in advance for your guidances.<br>
Mohsen<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br><font color="#888888">
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</font></blockquote></div><br>