Dear all:<br>   I just test the tutrial (<a href="http://www.dillgroup.ucsf.edu/group/wiki/index.php/Free_Energy:_Tutorial" target="_blank">http://www.dillgroup.ucsf.edu/group/wiki/index.php/Free_Energy:_Tutorial</a>)
and my own system, and I fond somthing confused me: If I understand
correct, when lamda is 0 (all atoms on), there should be no difference
between trun on or turn off soft-core potentional. In addition, there
should be no different whatever you set the sc-alpha value.<br>
<h4><a name="12e2237a79ceb434_free"></a></h4>    However, I&#39;ve test the
methane system on both gromacs 4.0.4 and 3.3.3, and found when lamda is
0, you get different large result when sc-alpha were set to 0, 0.5 and
1.5.<br>   I wonder has any one notice this before or I misunderstood the formula?<br>
<br> Yours<br><font color="#888888">Jia</font>