<div>Dear all,</div>
<div> </div>
<div>I know there are sections about virtual sites usage in gromacs manual. But it is somehow unclear for me to use. So I would like to ask how to use virtual sites in my input file. I have follow the the example from &quot;tip4p.itp&quot; and write my own virtual site is *.itp as:</div>

<div> </div>
<div>[ atoms ]</div>
<div>; nr   type  resnr resid  atom  cgnr    charge     mass</div>
<div>...     ....   ..   .......       ........   ...  .. ....  .......</div>
<div>35    VS   1   DRG      POT   6   0.03    0.0</div>
<div> </div>
<div>....   .....   ...  . ...... ....   ......  ...  ......   .......</div>
<div> </div>
<div>[ virtual_sites3 ]</div>
<div>;site  from                                   funct     theta     d</div>
<div>35        32            33          34           3          90    0.5</div>
<div> </div>
<div>1. I also define the &quot;VS&quot; in &quot;atomtypes.atp&quot;  and &quot;ffnonbonded.itp&quot;, Do I still need to give the corresponding coordinates for &quot;VS&quot; in *.gro file?</div>
<div>2. How to use &quot;COG&quot; selection in my *.itp file?</div>
<div> </div>
<div>Thanks a lot!</div>
<div> </div>
<div>   </div>
<div> </div>