Thank you very much for your help.<br>I&#39;ve run my simulations for 80 ns.<br>I will add more windows along the reaction coordinate.<br><br>Thank you,<br><br>Susana<br><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Feb 15, 2011 at 2:56 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div class="im"><br>
<br>
Susana Tomasio wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Hi all,<br>
<br>
I&#39;m running umbrella sampling of an ion through a lipid bilayer with gromacs 4.5.1.<br>
I used g_wham to create the histograms of the configurations within the umbrella sampling windows (1 Angstrom interval).<br>
I did not get a sufficient overlap between the windows, so I was wodering which is the better way of increasing the sampling:  to<br>
 include additional windows in the regions where there is no overlap or to increase the force constant ?<br>
</blockquote>
<br></div>
If you increase the force constant, you will make the distributions narrower, and thus I would expect the overlap would be worse.  Insufficient simulation length could be an issue, too, but you haven&#39;t said how long your simulations are.<div class="im">
<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
If I increase the force constant can I continue the simulation with the new constant or do I have to start again?<br>
</blockquote>
<br></div>
You&#39;d have to start over again, I&#39;d think, otherwise if you pass one .tpr file to g_wham per window, it will contain incorrect information that will mess up the calculations.<div class="im"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
I used a force contant of 3000 kJ mol^-1 nm^-2.<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
That seems somewhat high, but there are no hard and fast rules about these things, I don&#39;t think.  You probably want either (1) a lower force constant or (2) more windows along your reaction coordinate.  Option (2) seems to be more efficient, since you don&#39;t have to re-do your simulations, you can just run some more.<br>

<br>
-Justin<div class="im"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Thank you in advance,<br>
<br>
Susana<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
-- <br>
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<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | <a href="tel:+15402319080" target="_blank"></a><a href="tel:+15402319080" target="_blank">(540) 231-9080</a><br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
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gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
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Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
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</font></blockquote></div><br>