<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 14px; font-family: arial, verdana, sans-serif; line-height: 1.7; padding-top: 8px; padding-right: 10px; padding-bottom: 8px; padding-left: 10px; margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); ">Dear All:<div><div>&nbsp;I want to obtain a top file for protein with ffamber03 force field,and correct some bonds and angles parameter.</div><div>&nbsp;I added a new atom type HD(D2O) in ffamber03 &nbsp;[ atomtypes ], so I added some HD parameters in ffbond.itp、atomtypes.atp and ffnonbond.itp files,the output of the program indicate:</div><div><br></div><div>-------------------------------------------------------<br>Program grompp_m, VERSION 4.5.1<br>Source code file: toppush.c, line: 1631<br><br>Fatal&nbsp;<span class="t_tag" href="tag.php?name=error">error</span>:<br>Incorrect number of parameters - found 1, expected 2 or 4 for Bond.<br>For more information and tips for troubleshooting, please check the GROM，，，<br>--------------------------------------------------------------------------------------------<br></div><div></div><pre style="white-space: pre-wrap; word-wrap: break-word; font-family: arial, verdana, sans-serif; "><br></pre><pre style="white-space: pre-wrap; word-wrap: break-word; font-family: arial, verdana, sans-serif; ">I added some bonds and angles <span class="Apple-style-span" style="white-space: normal; ">parameters like this:</span></pre><pre style="white-space: pre-wrap; word-wrap: break-word; font-family: arial, verdana, sans-serif; "><span class="Apple-style-span" style="white-space: normal; ">，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，<br>; residue&nbsp;&nbsp;44 ASN rtp ASN&nbsp;&nbsp;q&nbsp;&nbsp;0.0<br>&nbsp; &nbsp;664&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp; N&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;44&nbsp; &nbsp; ASN&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;N&nbsp; &nbsp; 664&nbsp;&nbsp;-0.430106&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;14.01&nbsp; &nbsp;; qtot 4.57<br>&nbsp; &nbsp;<font color="red">665&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;HD&nbsp; &nbsp; 44&nbsp; &nbsp; ASN&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;HD&nbsp; &nbsp; 665&nbsp; &nbsp;0.250466&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;2.016</font>&nbsp; &nbsp;; qtot 4.824<br>&nbsp; &nbsp;666&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;CT&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;44&nbsp; &nbsp; ASN&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;CA&nbsp; &nbsp; 666&nbsp; &nbsp;0.044609&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;12.01&nbsp; &nbsp;; qtot 4.869<br>，，，，，，，，，，，，，，，<br>[ bonds ]<br>;&nbsp;&nbsp;ai&nbsp; &nbsp; aj funct&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;c0&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;c1&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;c2&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;c3<br>，，，<br>&nbsp;&nbsp;676&nbsp; &nbsp;678&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;<br>&nbsp;&nbsp;678&nbsp; &nbsp;679&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;0.10115&nbsp;<br>&nbsp;&nbsp;678&nbsp; &nbsp;680&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;<br>&nbsp;&nbsp;680&nbsp; &nbsp;681&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;<br>，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，<br>[ angles ]<br>;&nbsp;&nbsp;ai&nbsp; &nbsp; aj&nbsp; &nbsp; ak funct&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;c0&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;c1&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;c2&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;c3<br>，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，<br>&nbsp;&nbsp;648&nbsp; &nbsp;650&nbsp; &nbsp;652&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;<br>&nbsp;&nbsp;651&nbsp; &nbsp;650&nbsp; &nbsp;652&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;115.149&nbsp;<br>&nbsp;&nbsp;650&nbsp; &nbsp;652&nbsp; &nbsp;653&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;<br>&nbsp;&nbsp;650&nbsp; &nbsp;652&nbsp; &nbsp;654&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;<br>，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，<br></span></pre><pre style="white-space: pre-wrap; word-wrap: break-word; font-family: arial, verdana, sans-serif; "><span class="Apple-style-span" style="white-space: normal; ">Any help will highly appreciated!</span></pre></div></div><div><div></div><pre></pre></div><br><br><span title="neteasefooter"><span id="netease_mail_footer"></span></span>