<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
 http-equiv="Content-Type">
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000066">
<font size="-1"><font face="Console">Hello Susana,<br>
<br>
I agree with Justin, 3000 kj/molnm2 seems pretty high. I've been using
about a 1000kj/molnm2 force constant with window
separation of about 0.8, that seems to work well for my system. <br>
<br>
-Laura</font></font><br>
<br>
On 02/15/2011 09:51 AM, Susana Tomasio wrote:
<blockquote
 cite="mid:AANLkTi=HDipeJtcMm2ViqBBfGrgymy-fe_+oDj5MdYbB@mail.gmail.com"
 type="cite">Hi all,<br>
  <br>
I'm running umbrella sampling of an ion through a lipid bilayer with
gromacs 4.5.1.<br>
I used g_wham to create the histograms of the configurations within the
umbrella sampling windows (1 Angstrom interval).<br>
I did not get a sufficient overlap between the windows, so I was
wodering which is the better way of increasing the sampling:&nbsp; to<br>
&nbsp;include additional windows in the regions where there is no overlap or
to increase the force constant ?<br>
If I increase the force constant can I continue the simulation with the
new constant or do I have to start again?<br>
I used a force contant of 3000 kJ mol^-1 nm^-2.<br>
  <br>
Thank you in advance,<br>
  <br>
Susana<br>
</blockquote>
<br>
<pre class="moz-signature" cols="72">-- 
Laura Kingsley

Graduate Student
Medicinal Chemistry and Molecular Pharmacology
Purdue University 
Office: RHPH 504A 
575 Stadium Mall Dr.
West Lafayette, IN 47907
Office Phone: (765) 496-6643</pre>
</body>
</html>