<div style="font-family: 'Times New Roman'; font-size: 16px;"><br />Check the topology section in the gromacs manual. <br _moz_dirty="" />You'll find the format you should use for bonds, angles etc.<br _moz_dirty="" /><br /><span>On 15-02-11, <b class="name">gromacs564 </b> &lt;gromacs564@126.com&gt; wrote:</span><blockquote cite="mid:6082467e.573d.12e2889e79a.Coremail.gromacs564@126.com" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text html"><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 14px; font-family: arial,verdana,sans-serif; line-height: 1.7; padding: 8px 10px; margin: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255);">Dear All:<div><div> I want to obtain a top file for protein with ffamber03 force field,and correct some bonds and angles parameter.</div><div> I added a new atom type HD(D2O) in ffamber03  [ atomtypes ], so I added some HD parameters in ffbond.itp、atomtypes.atp and ffnonbond.itp files,the output of the program indicate:</div><div><br /></div><div>-------------------------------------------------------<br />Program grompp_m, VERSION 4.5.1<br />Source code file: toppush.c, line: 1631<br /><br />Fatal <span class="t_tag" href="tag.php?name=error">error</span>:<br />Incorrect number of parameters - found 1, expected 2 or 4 for Bond.<br />For more information and tips for troubleshooting, please check the GROM···<br />--------------------------------------------------------------------------------------------<br /></div><div ><br/></div><pre style="white-space: pre-wrap; word-wrap: break-word; font-family: arial,verdana,sans-serif;"><br /></pre><pre style="white-space: pre-wrap; word-wrap: break-word; font-family: arial,verdana,sans-serif;">I added some bonds and angles <span class="Apple-style-span" style="white-space: normal;">parameters like this:</span></pre><pre style="white-space: pre-wrap; word-wrap: break-word; font-family: arial,verdana,sans-serif;"><span class="Apple-style-span" style="white-space: normal;">······························<br />; residue  44 ASN rtp ASN  q  0.0<br />   664          N     44    ASN      N    664  -0.430106      14.01   ; qtot 4.57<br />   <font color="red">665         HD    44    ASN     HD    665   0.250466      2.016</font>   ; qtot 4.824<br />   666         CT     44    ASN     CA    666   0.044609      12.01   ; qtot 4.869<br />···············<br />[ bonds ]<br />;  ai    aj funct            c0            c1            c2            c3<br />···<br />  676   678     1 <br />  678   679     1     0.10115 <br />  678   680     1 <br />  680   681     1 <br />·······················<br />[ angles ]<br />;  ai    aj    ak funct            c0            c1            c2            c3<br />························<br />  648   650   652     1 <br />  651   650   652     1     115.149 <br />  650   652   653     1 <br />  650   652   654     1 <br />····················<br /></span></pre><pre style="white-space: pre-wrap; word-wrap: break-word; font-family: arial,verdana,sans-serif;"><span class="Apple-style-span" style="white-space: normal;">Any help will highly appreciated!</span></pre></div></div><div><div ><br/></div><pre></pre></div><br /><br /><span title="neteasefooter"><span id="netease_mail_footer"></span></span></div></blockquote></div>