
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">

<HTML><HEAD>

<META content="text/html; charset=windows-1255" http-equiv=Content-Type>

<META name=GENERATOR content="MSHTML 8.00.6001.19019">

<STYLE></STYLE>

</HEAD>

<BODY bgColor=#ffffff>

<DIV><FONT size=2 face=Arial>Hi,</FONT></DIV>

<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT size=2 face=Arial>I am running 2 sequential minimizations with the 

same mdp file. As expected the second minimization stops in step&nbsp;zero and 

the resulting structures of the&nbsp;2 minimization runs are identical 

(RMSD=0.0). But, the energies of the last step of the first minimization (step 

14) and the zero step of the second minimization are not identical (see below). 

What could be the reason for this mismatch?&nbsp;</FONT></DIV>

<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT size=2 face=Arial>Thanks, Efrat</FONT></DIV>

<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT size=2 face=Arial><EM><U>First minimization</U></EM>:</FONT></DIV>

<DIV><FONT size=2 

face=Arial>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Lambda<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

14.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000</FONT></DIV>

<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT size=2 face=Arial>&nbsp;&nbsp; Energies 

(kJ/mol)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Bond&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Angle 

Ryckaert-Bell.&nbsp; Improper 

Dih.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

LJ-14<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.95260e+01&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1.32951e+02&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.29144e+02&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

3.99233e-01&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.69282e+01<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Coulomb-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (SR)&nbsp;&nbsp; Coulomb 

(SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Potential Pressure (bar)<BR>&nbsp;&nbsp; 

-3.24612e+03&nbsp;&nbsp; -3.33371e+01&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

4.24793e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.29742e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.00000e+00</FONT></DIV>

<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT size=2 face=Arial><U><EM>Second minimization</EM></U>:</FONT></DIV>

<DIV><FONT size=2 

face=Arial>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Lambda<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000</FONT></DIV>

<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT size=2 face=Arial>&nbsp;&nbsp; Energies 

(kJ/mol)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Bond&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Angle 

Ryckaert-Bell.&nbsp; Improper 

Dih.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

LJ-14<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.24603e+01&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1.31903e+02&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.29221e+02&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

3.98797e-01&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.61009e+01<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Coulomb-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (SR)&nbsp;&nbsp; Coulomb 

(SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Potential Pressure (bar)<BR>&nbsp;&nbsp; 

-3.24585e+03&nbsp;&nbsp; -3.32600e+01&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

4.24778e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.29876e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.00000e+00</FONT></DIV>

<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV></BODY></HTML>