Hello,<br><br>I have run a few protein systems through simulations of varying lengths and would like to find a way to visualize the trajectories. I have tried to use the <a href="http://top2psf.pl">top2psf.pl</a> script to produce a usable .psf file. I can get it to produce the .psf file, but am unable get VMD to display anything for the trajectory other than a bunch of dots. <br>
<br>anyone had any luck displaying MARTINI trajectories with VMD and might know where i am going wrong? any suggestions are very appreciated.<br><br>-john<br>