Hi <br><br>I have a series of trajectories from a coarse grained simulation (Martini force field) that I ran using gromacs 4.0.4. The system consists of a protein embedded in a POPC bilayer solvated with water. During the simulation the protein (most of time its actually *part* of the protein) jumps across the pb into the neighboring box. I use a series of tcl scripts to analyse my trajectories and for that purpose I need to remove that &quot;period boundary jump&quot; and make the protein &quot;whole&quot; again. <br>
<br>I have tried the approach described on the gromacs website <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Periodic_Boundary_Conditions">http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Periodic_Boundary_Conditions</a><br>
<br>I also other combinations of -whole, -center and -pbc nojump of trjconv, without any luck. Can anyone suggest how I can re-center the protein and remove the pb jump ie make the protein &quot;whole&quot;<br><br>Thanks <br>
Evelyne <br><br>-- <br>Evelyne Deplazes<br><br>PhD student <br>Theoretical Chemistry group<br>University of Western Australia <br><br>