Hi<div><br></div><div>I did a simulation of 3 ns with OPLS AA 2001 Force Field for a protein of 230 aa and also I carried out a simulation of 10ns for the same protein but with different force field (Amber 2006) . I obtained the rmsd of the trajectories of both simulation , which I found to be different ?? i.e. 3ns rmsd from one simulation doesnot superimpose with another (10ns) .. why there is such a difference ??<br clear="all">
<br>-- <br>Bharat<br>Ph.D. Candidate<br>Room No. : 7202A, 2nd Floor<br>Biomolecular Engineering Laboratory<br>Division of Chemical Engineering and Polymer Science<br>Pusan National University<br>Busan -609735<br>South Korea<br>
Lab phone no. - +82-51-510-3680, +82-51-583-8343<div>Mobile no. - 010-5818-3680<br>E-mail : <a href="mailto:monu46010@yahoo.com" target="_blank">monu46010@yahoo.com</a></div><br>
</div>