Hi,<div><br></div><div>I have obtained the chromophore parameters of the GFP for charmm force field but I am not able to find it out how to add it to the charmm FF file.. I have two files one is the topology file , which looks like this :- </div>
<div><p class="MsoPlainText"><span style="font-family:&quot;Courier New&quot;">*<br>
<span style="mso-spacerun:yes">   </span>22 <span style="mso-spacerun:yes">   </span>1<br>
MASS<span style="mso-spacerun:yes">    </span>13 CP2c<span style="mso-spacerun:yes">   </span>12.01100 C ! his CE1 carbon<br>
MASS<span style="mso-spacerun:yes">    </span>14 NR2c<span style="mso-spacerun:yes">   </span>14.00700 N ! neutral his unprotonated ring
nitrogen<br>
MASS<span style="mso-spacerun:yes">    </span>15 NR1c<span style="mso-spacerun:yes">   </span>14.00700 N ! neutral his protonated ring
nitrogen<br>
MASS<span style="mso-spacerun:yes">    </span>16 CP1c<span style="mso-spacerun:yes">   </span>12.01100 C ! his CG and CD2 carbons<br>
MASS<span style="mso-spacerun:yes">    </span>17 Och<span style="mso-spacerun:yes">    </span>15.99900 O ! carbonyl oxygen<br>
MASS<span style="mso-spacerun:yes">    </span>18 CE1c<span style="mso-spacerun:yes">   </span>12.01100 C ! for alkene; RHC=CR<br>
MASS<span style="mso-spacerun:yes">    </span>19 HA1c<span style="mso-spacerun:yes">    </span>1.00800 H ! for alkene; RHC=CR<br>
MASS<span style="mso-spacerun:yes">    </span>41 CA4<span style="mso-spacerun:yes">    </span>12.01100 C ! aromatic C<br>
MASS<span style="mso-spacerun:yes">    </span>42 HPc<span style="mso-spacerun:yes">     </span>1.00800 H ! aromatic H<br>
MASS<span style="mso-spacerun:yes">    </span>43 OHc<span style="mso-spacerun:yes">    </span>15.99900 O ! from OH1<br>
MASS<span style="mso-spacerun:yes">    </span>44 Hch<span style="mso-spacerun:yes">     </span>1.00800 H ! polar H<br>
MASS<span style="mso-spacerun:yes">    </span>45 CT3c<span style="mso-spacerun:yes">   </span>12.01100 C ! aliphatic sp3 C for CH3<br>
MASS<span style="mso-spacerun:yes">    </span>46 HAc<span style="mso-spacerun:yes">     </span>1.00800 H ! nonpolar H<br>
MASS<span style="mso-spacerun:yes">    </span>47 CA1<span style="mso-spacerun:yes">    </span>12.01100 C ! aromatic C<br>
MASS<span style="mso-spacerun:yes">    </span>48 CA2<span style="mso-spacerun:yes">    </span>12.01100 C ! aromatic C<br>
MASS<span style="mso-spacerun:yes">    </span>49 CA3<span style="mso-spacerun:yes">    </span>12.01100 C ! aromatic C<br>
<br>
DECL -CA<br>
DECL -C<br>
DECL -O<br>
DECL +N<br>
DECL +HN<br>
DECL +CA<br>
DEFA FIRS NTER LAST CTER<br>
AUTO ANGLES DIHE<br>
<br>
<br>
AUTOGENERATE ANGLES DIHE<br>
DEFA FIRS NONE LAST NONE<br>
<br>
RESI CRO<span style="mso-spacerun:yes">  </span>0.000<br>
GROUP<span style="mso-spacerun:yes">                   </span>! Imidazolinone
ring<br>
ATOM C1 CP2c<span style="mso-spacerun:yes">  </span>0.76<br>
ATOM N2 NR2c -0.55<br>
ATOM N3 NR1c -0.64<br>
ATOM C2 CP1c<span style="mso-spacerun:yes">  </span>0.80<br>
ATOM O2 Och<span style="mso-spacerun:yes">  </span>-0.61<br>
ATOM CA CP1c<span style="mso-spacerun:yes">  </span>0.24<br>
!<br>
GROUP<span style="mso-spacerun:yes">                   </span>! Charges from
propene<br>
ATOM CB CE1c -0.10<br>
ATOM HB HA1c<span style="mso-spacerun:yes">  </span>0.10<br>
!<br>
GROUP<span style="mso-spacerun:yes">                   </span>! Tyr ring :
charges from charmm22<br>
ATOM CG2 CA1<span style="mso-spacerun:yes">   </span>0.00<br>
ATOM CD1 CA2<span style="mso-spacerun:yes">  </span>-0.115<br>
ATOM HD1 HPc<span style="mso-spacerun:yes">   </span>0.115<br>
ATOM CD2 CA2<span style="mso-spacerun:yes">  </span>-0.115<br>
ATOM HD2 HPc<span style="mso-spacerun:yes">   </span>0.115<br>
ATOM CE1 CA3<span style="mso-spacerun:yes">  </span>-0.115<br>
ATOM HE1 HPc<span style="mso-spacerun:yes">   </span>0.115<br>
ATOM CE2 CA3<span style="mso-spacerun:yes">  </span>-0.115 <br>
ATOM HE2 HPc<span style="mso-spacerun:yes">   </span>0.115<br>
ATOM CZ CA4<span style="mso-spacerun:yes">    </span>0.11<br>
ATOM OH Ohc<span style="mso-spacerun:yes">   </span>-0.54<br>
ATOM HH Hch<span style="mso-spacerun:yes">    </span>0.43<br>
!<br>
!Glycine part / C=O taken from Charmm22<br>
GROUP<br>
ATOM CAg<span style="mso-spacerun:yes">  </span>CT2<span style="mso-spacerun:yes">    </span>-0.18<span style="mso-spacerun:yes"> 
</span>!<span style="mso-spacerun:yes">     </span>|<br>
ATOM HA1<span style="mso-spacerun:yes">  </span>HB<span style="mso-spacerun:yes">      </span>0.09<span style="mso-spacerun:yes"> 
</span>!<span style="mso-spacerun:yes">     </span>|<br>
ATOM HA2<span style="mso-spacerun:yes">  </span>HB<span style="mso-spacerun:yes">      </span>0.09<span style="mso-spacerun:yes"> 
</span>! HA1-CA-HA2<br>
GROUP<span style="mso-spacerun:yes">                   </span>!<span style="mso-spacerun:yes">     </span>|<br>
ATOM C<span style="mso-spacerun:yes">    </span>C<span style="mso-spacerun:yes">       </span>0.51<span style="mso-spacerun:yes"> 
</span>!<span style="mso-spacerun:yes">     </span>|<br>
ATOM O<span style="mso-spacerun:yes">    </span>O<span style="mso-spacerun:yes">      </span>-0.51<span style="mso-spacerun:yes"> 
</span>!<span style="mso-spacerun:yes">     </span>C=O<br>
!<br>
!Serine part / taken from Charmm22<br>
GROUP<br>
ATOM N <span style="mso-spacerun:yes">   </span>NH1<span style="mso-spacerun:yes">    </span>-0.47<span style="mso-spacerun:yes"> 
</span>!<span style="mso-spacerun:yes">     </span>|<br>
ATOM HN<span style="mso-spacerun:yes">   </span>H<span style="mso-spacerun:yes">       </span>0.31<span style="mso-spacerun:yes"> 
</span>!<span style="mso-spacerun:yes">  </span>HN-N<br>
ATOM CAs<span style="mso-spacerun:yes">  </span>CT1<span style="mso-spacerun:yes">     </span>0.07<span style="mso-spacerun:yes"> 
</span>!<span style="mso-spacerun:yes">     </span>|<span style="mso-spacerun:yes">   </span>HB1<br>
ATOM HA<span style="mso-spacerun:yes">   </span>HB<span style="mso-spacerun:yes">      </span>0.09<span style="mso-spacerun:yes"> 
</span>!<span style="mso-spacerun:yes">     </span>|<span style="mso-spacerun:yes">   </span>|<br>
GROUP<span style="mso-spacerun:yes">                   </span>!<span style="mso-spacerun:yes">  </span>HA-CA--CB--OG<br>
ATOM CBs<span style="mso-spacerun:yes">  </span>CT2<span style="mso-spacerun:yes">     </span>0.05<span style="mso-spacerun:yes"> 
</span>!<span style="mso-spacerun:yes">     </span>|<span style="mso-spacerun:yes">   </span>|<span style="mso-spacerun:yes">    
</span>\<br>
ATOM HB1<span style="mso-spacerun:yes">  </span>HA<span style="mso-spacerun:yes">      </span>0.09<span style="mso-spacerun:yes"> 
</span>!<span style="mso-spacerun:yes">     </span>|<span style="mso-spacerun:yes">   </span>HB2<span style="mso-spacerun:yes">   
</span>HG1<br>
ATOM HB2<span style="mso-spacerun:yes">  </span>HA<span style="mso-spacerun:yes">      </span>0.09<span style="mso-spacerun:yes"> 
</span>!<span style="mso-spacerun:yes">   </span>O=C<br>
ATOM OG1<span style="mso-spacerun:yes">  </span>OH1<span style="mso-spacerun:yes">    </span>-0.66<span style="mso-spacerun:yes"> 
</span>!<span style="mso-spacerun:yes">     </span>|<br>
ATOM HG1<span style="mso-spacerun:yes">  </span>H<span style="mso-spacerun:yes">       </span>0.43<br></span></p></div><div> </div><div><br></div><div><br></div><div>Other file is the parameter file :-</div><div><br></div>
<div><div>! GFP Chromophore parameters, protonated form</div><div>!</div><div>BONDS</div><div>!</div><div>!V(bond) = Kb(b - b0)**2</div><div>!</div><div>!Kb: kcal/mole/A**2</div><div>!b0: A</div><div>!</div><div>!atom type Kb          b0</div>
<div>CA1  CA2   305.00      1.3750 !</div><div>CA2  CA3   305.00      1.3750 !</div><div>CA3  CA4   305.00      1.3750 !</div><div>HPc  CA1   340.000     1.08   !</div><div>HPc  CA2   340.000     1.08   !</div><div>HPc  CA3   340.000     1.08   !</div>
<div>HPc  CA4   340.000     1.08   !</div><div>Ohc  Hch   545         0.96   ! </div><div>Ohc  CA4   334.3       1.4110 !</div><div>HA1c CE1c  360.500     1.10   ! </div><div>NR1c CP1c  400.000     1.41   !</div><div>NR1c CP2c  400.000     1.39   ! </div>
<div>NR2c CP2c  400.000     1.30   ! </div><div>NR2c CP1c  400.000     1.40   !</div><div>CP1c CP1c  410.000     1.49   !</div><div>CP1c CE1c  560         1.36   !</div><div>CP1c Och   807         1.22   !</div><div>CE1c CA1   370         1.45   !</div>
<div>NR1c CT2   352         1.45   ! </div><div>CP2c CT1   320         1.49   ! </div><div><br></div><div><br></div><div>ANGLES</div><div>!</div><div>!V(angle) = Ktheta(Theta - Theta0)**2</div><div>!</div><div>!V(Urey-Bradley) = Kub(S - S0)**2</div>
<div>!</div><div>!Ktheta: kcal/mole/rad**2</div><div>!Theta0: degrees</div><div>!Kub: kcal/mole/A**2 (Urey-Bradley)</div><div>!S0: A</div><div>!</div><div>!atom types     Ktheta    Theta0   Kub     S0</div><div>!</div><div>
NR2c CP2c NR1c  130.00    114.00   ! </div><div>CP2c NR2c CP1c  130.00    106.00   ! </div><div>CP2c NR1c CP1c  130.00    107.90   ! </div><div>NR2c CP1c CP1c  130.00    108.30   ! </div><div>NR2c CP1c CE1c   45.80    129.50   ! </div>
<div>NR1c CP1c OcH    42.00    126.00   !</div><div>NR1c CP1c CP1c  130.00    103.00   ! </div><div>OcH  CP1c CP1c   38.00    132.00   !</div><div>CP1c CP1c CE1c   45.80    122.00   ! </div><div>CP1c CE1c CA1   130.00    130.00   ! </div>
<div>CP1c CE1c HA1c   42.00    114.00   ! </div><div>CE1c CA1  CA2    45.80     121.00   </div><div>HA1c CE1c CA1    42.00     116.00   ! </div><div>CA1  CA2  CA3   40.000    120.00   35.00   2.41620</div><div>CA2  CA1  CA2   40.000    120.00   35.00   2.41620</div>
<div>CA2  CA3  CA4   40.000    120.00   35.00   2.41620</div><div>CA3  CA4  CA3   40.000    120.00   35.00   2.41620</div><div>!</div><div>HPc  CA3  CA4   30.000    120.00   22.00   2.15250 </div><div>HPc  CA3  CA2   30.000    120.00   22.00   2.15250</div>
<div>HPc  CA2  CA3   30.000    120.00   22.00   2.15250</div><div>HPc  CA2  CA1   30.000    120.00   22.00   2.15250</div><div>!</div><div>Ohc  CA4  CA3   45.200   120.0000 ! ALLOW   ARO ALC</div><div>HcH  Ohc  CA4   65.000   108.0000 ! ALLOW   ALC ARO</div>
<div>!</div><div>!Connection to the ser fragment</div><div>!------------------------------</div><div>CT2  CT1  CP2c    52.000   108.0000 ! ALLOW   ALI PEP POL ARO</div><div>HB   CT1  CP2c  50.000   109.5000 ! ALLOW  PEP</div>
<div>NH1  CT1  CP2c  50.000   107.0000 ! ALLOW   PEP POL ARO ALI</div><div>NR2C CP2C CT1   40.00    125.00   ! </div><div>NR1C CP2C CT1   35.00    121.40   ! </div><div>!</div><div>!Connection to the gly fragment</div><div>
!------------------------------</div><div>NR1C CT2  C     50.000   107.0000 </div><div>NR1c CT2  HB     48.000   108.0000</div><div>CP2C NR1C CT2   36.00    129.00</div><div>CP1C NR1C CT2   32.00    123.40</div><div>!</div>
<div>DIHEDRALS</div><div>!</div><div>!V(dihedral) = Kchi(1 + cos(n(chi) - delta))</div><div>!</div><div>!Kchi: kcal/mole</div><div>!n: multiplicity</div><div>!delta: degrees</div><div>!</div><div>!atom types             Kchi    n   delta</div>
<div>!</div><div>CP2C NR2C CP1C CP1C    14.0000  2   180.00 ! </div><div>CP2C NR1C CP1C CP1C    14.0000  2   180.00 !</div><div>NR2C CP2C NR1C CP1C    14.0000  2   180.00 !</div><div>NR2C CP1C CP1C NR1C     4.0000  2   180.00 ! </div>
<div>NR1C CP2C NR2C CP1C     4.0000  2   180.00 ! </div><div>CA1  CA2  CA3  CA4      3.1000  2   180.00 ! </div><div>CA2  CA1  CA2  CA3      3.1000  2   180.00 ! </div><div>CA2  CA3  CA4  CA3      3.1000  2   180.00 ! </div>
<div>!OCh CAC  CAC  CAC      3.1000  2   180.00 ! </div><div>CA2  CA3  CA4  OhC      3.1000  2   180.00 ! </div><div>CA1  CA2  CA3  HPC      4.2000  2   180.00 ! </div><div>CA2  CA1  CA2  HPC      4.2000  2   180.00 ! </div>
<div>CA3  CA4  CA3  HPC      4.2000  2   180.00 ! </div><div>HPC  CA2  CA3  CA4      4.2000  2   180.00 ! </div><div>HPC  CA2  CA3  HPC      2.4000  2   180.00 ! </div><div>!HCH  OCh CAC  CAC      0.9900  2   180.00 ! </div>
<div>HCH  OhC CA4  CA3       0.9900  2   180.00 ! </div><div>HPC  CA3  CA4  OhC      4.2000  2   180.00 ! </div><div>!</div><div>CP2C NR2C CP1C CE1C     3.000   2   180.00 ! </div><div>NR1C CP1C CP1C CE1C     3.00    2   180.00 ! </div>
<div>OCH  CP1C CP1C CE1C     2.00    2   180.00 ! </div><div>CE1C CA1  CA2  HPC      4.20    2   180.00 ! </div><div>CE1C CA1  CA2  CA3      3.10    2   180.00 ! </div><div>!</div><div>!barrier CA-CB</div><div>CP1C CP1C CE1C HA1C     6.84   2   180.00 ! </div>
<div>CP1C CP1C CE1C CA1      6.84   2   180.00 !</div><div>NR2C CP1C CE1C HA1C     6.84   2   180.00 !</div><div>NR2C CP1C CE1C CA1      6.84   2   180.00 ! </div><div>!</div><div>!barrier CB-CG2</div><div>CP1C CE1C CA1  CA2      1.4  2   180.00 !  </div>
<div>HA1C CE1C CA1  CA2      1.4  2   180.00 ! </div><div>!</div><div>CP2C NR1C CP1C OCH      14.00    2   180.00 !</div><div>NR2C CP2C NR1C CT2      14.00    2   180.00 !</div><div>NR2C CP1C CP1C OCH      14.00    2   180.00 !</div>
<div>CP1C NR1C CP2C CT1      14.00    2   180.00 !</div><div>OCH  CP1C NR1C CT2      14.00    2   180.00 !</div><div>CP1C NR2C CP2C CT1      14.00    2   180.00 !</div><div>CP1C CP1C NR1C CT2      14.00    2   180.00 !</div>
<div>CT1  CP2C NR1C CT2      14.00    2   180.00 !</div><div>!</div><div>! Linking the chromophore and the glycine fragment</div><div>O    C    CT2  NR1C      0.0000  1     0.00 !   </div><div>NH1  C    CT2  NR1c       0.6000  1     0.00 !  </div>
<div>CP2C NR1C CT2 HB         0.032  3     0.00 ! </div><div>CP2c NR1c CT2 C          0.032  3     0.00 !</div><div>CP1c NR1c CT2 HB         0.032  3   180.00 !</div><div>CP1c NR1c CT2 C          0.032  3   180.00 !</div>
<div>!</div><div>! Linking the chromophore and the serine fragment</div><div>C    NH1  CT1  CP2C      0.2000  1   180.00 !</div><div>H    NH1  CT1  CP2C      0.0000  1     0.00 !</div><div>NR2C CP2C CT1 HB         0.105   3   180.00 ! </div>
<div>NR2C CP2C CT1 NH1        0.105   3   180.00 ! </div><div>NR2C CP2C CT1 CT2        0.105   3   180.00 ! </div><div>NR1C CP2C CT1 HB         0.105   3     0.00 ! </div><div>NR1C CP2C CT1 NH1        0.105   3     0.00 ! </div>
<div>NR1C CP2C CT1 CT2        0.105   3     0.00 ! </div><div><br></div><div><br></div><div>IMPROPER</div><div>!</div><div>!V(improper) = Kpsi(psi - psi0)**2</div><div>!</div><div>!Kpsi: kcal/mole/rad**2</div><div>!psi0: degrees</div>
<div>!note that the second column of numbers (0) is ignored</div><div>!</div><div>!atom types           Kpsi                   psi0</div><div>!</div><div>CP2C NR2C NR1C CT1      0.5       0           0.00</div><div>CP2C NR1C NR2C CT1      0.5       0           0.00</div>
<div>!</div><div>CP1C NR1C CP1C OCH       0.5       0           0.00</div><div>CP1C CP1C NR1C OCH       0.5       0           0.00</div><div>!</div><div>NR1C CP1C CP2C CT2      0.45       0           0.00 </div><div>NR1C CP2C CP1C CT2      0.45       0           0.00  </div>
<div>!</div><div>CP1C NR2C CP1C CE1C   220.0       0           0.00</div><div>CP1C CP1C NR2C CE1C   220.0       0           0.00</div><div>!</div><div>CE1C CP1C CA1  HA1C    30.0        0           0.00</div><div>CE1C CA1  CP1C HA1C    30.0        0           0.00</div>
<div><br></div><div><br></div><div>Can anybody jus tell it how to do .. as I have posted this question earlier in the forum and got chapter 5 to read as suggestion ?? ... but I am a bit confused ...how to do it </div><br>
-- <br>Bharat<br>Ph.D. Candidate<br>Room No. : 7202A, 2nd Floor<br>Biomolecular Engineering Laboratory<br>Division of Chemical Engineering and Polymer Science<br>Pusan National University<br>Busan -609735<br>South Korea<br>
Lab phone no. - +82-51-510-3680, +82-51-583-8343<div>Mobile no. - 010-5818-3680<br>E-mail : <a href="mailto:monu46010@yahoo.com" target="_blank">monu46010@yahoo.com</a></div><br>
</div>