If I am using g_mindist to calculate the number of contacts at different tempretures of the system. I am thinking if it will make sense because the system has a periodic boundary conditions and the pressure at each tempreture is defined manually and is the same. The only parameter in the script which should be different at different tempretures is pressure. Please could you advice me on this?<br>
<br>best,<br>Olga<br><br><div class="gmail_quote">2011/2/21 Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<div class="im"><br>
<br>
Olga Ivchenko wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
So I used mindist for a certain group of molecules which is surrounded by water. I got plot number of contacts versuc sumulation time. According to what I see in a distance  &lt; 0.6nm at certain frame there are on average 150 contacts.<br>

<br>
Actually how the programm calculates the number of contacts, if someone knows what is a creteria that a certain contact is formed?<br>
Is is a certain distance.<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
Exactly as the title of the output says, a contact exists if any two atoms of the chosen index groups are within 0.6 nm.  You can change the distance with g_mindist -d.<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
best,<br>
Olga<br>
<br>
2011/2/21 Olga Ivchenko &lt;<a href="mailto:olga.ivchenko@gmail.com" target="_blank">olga.ivchenko@gmail.com</a> &lt;mailto:<a href="mailto:olga.ivchenko@gmail.com" target="_blank">olga.ivchenko@gmail.com</a>&gt;&gt;<div class="im">
<br>
<br>
    Thank you very much.<br>
    best,<br>
    Olga<br>
<br></div>
    2011/2/21 Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt;<div class="im"><br>
<br>
<br>
        g_mindist -on (with suitable index groups) should also do the trick.<br>
<br>
        -Justin<br>
<br>
<br>
        Erik Marklund wrote:<br>
<br>
            Or g_hbond -contact. Undfortuntely there are still issues<br>
            with g_hbond at the moment. Version 4.0.x seem to work better.<br>
<br>
            XAvier Periole skrev 2011-02-21 11.37:<br>
<br>
                g_dist<br>
                On Feb 21, 2011, at 11:32 AM, Olga Ivchenko wrote:<br>
<br>
                    Dear Gromacs Users,<br>
<br>
                    I would like to know if there is in gromacs an<br>
                    option how to calculate how many contacts has a<br>
                    certain atom i(n a molecules of interest) with water<br>
                    during the whole MD simulations (or at each step of MD).<br>
                    Please could you advice me on this?<br>
<br>
                    best,<br>
                    Olga<br>
<br>
                    --                     gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div>
                    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<div class="im"><br>
                    <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
                    Please search the archive at<br>
                    <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a><br>
                    before posting!<br>
                    Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the<br>
                    list. Use the<br>
                    www interface or send it to<br>
                    <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>
                    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<div class="im"><br>
                    Can&#39;t post? Read<br>
                    <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
        --         ========================================<br>
<br>
        Justin A. Lemkul<br>
        Ph.D. Candidate<br>
        ICTAS Doctoral Scholar<br>
        MILES-IGERT Trainee<br>
        Department of Biochemistry<br>
        Virginia Tech<br>
        Blacksburg, VA<br></div>
        jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; | (540) 231-9080<div class="im"><br>
        <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
        ========================================<br>
<br>
        --         gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div>
        &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<div class="im"><br>
        <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
        Please search the archive at<br>
        <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
        Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
        www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>
        &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<div class="im"><br>
        Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
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</div></blockquote><div><div></div><div class="h5">
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-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
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gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
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