<br /><br /><span>On 02/23/11, <b class="name">Valeria Losasso </b> &lt;losasso@sissa.it&gt; wrote:</span><blockquote cite="mid:alpine.LRH.2.00.1102230730200.9755@ssh.sissa.it" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text plain"><br />Dear all,<br />I am making some tests to start using replica exchange molecular dynamics on my system in water. The setup is ok (i.e. one replica alone runs correctly), but I am not able to parallelize the REMD. Details follow:<br /><br />- the test is on 8 temperatures, so 8 replicas<br />- Gromacs version 4.5.3<br />- One replica alone, in 30 minutes with 256 processors, makes 52500 steps. 8 replicas with 256x8 = 2048 processors, make 300 (!!) steps each = 2400 in total (I arrived to these numbers just to see some update of the log file: since I am running on a big cluster, I can not use more than half an hour for tests with less than 512 processors)<br />- I am using mpirun with options -np 256 -s  md_.tpr -multi 8 -replex 1000</div></blockquote><br />There have been two threads on this topic in the last month or so, please check the archives. The implementation of multi-simulations scales poorly. The scaling of replica-exchange itself is not great either. I have a working version under final development that scales much better. Watch this space.<br /><br />Mark