Dear Justin<br><br>very thanks for your reply.<br><br>I used for script two times:<br><br>1) between proten and interfacial waters.<br><br>2) between dna and same water molecules.<br><br>using what I said above, can I obtain what water molecules form water-mediated hydrogen bond between protein and dna?<br>
<br>if my way is wrong, please guide me about that.<br><br>any suggestion will highly appreciated.<br clear="all"><br>-- <br><pre style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">Leila Karami<br>Ph.D. student of Physical Chemistry<br>
K.N. Toosi University of Technology<br>Theoretical Physical Chemistry Group</pre><br>