Hello to all,<br><br>Please help me with the following questions. Your attention is greatly appreciated.<br><br>1- I have an inquiry about index groups. If I specify all my solute chains as a whole in one group [all chains] (including n chains having m atoms each) and calculate interaction energies between the following:<br>
<br>[all chains] [all chains]<br><br>[all chains] [all solvent] (group with all solvent atoms)<br><br>[all solvent] [all solvent]<br><br>(so  [all chains] is consisting of atoms  1 to m + atom m+1   to 2m...)<br><br>is there a way to get the same results by defining index groups as individual chains [chain 1] [chain 2] .. [chain n]? for example <br>
<br>[chain 1] [all solvent]<br>+[chain 2] all solvent]<br>+ chain 3 ..<br><br>= ? [all chains] [all solvent]  <br><br><br>2- The energy units are KJ per mol systems. I think this unit is not helpful  since in literature what we see is energy of a quantity per mol in usual sense. So my question is how can I get units in mol of particles for a binary mixture? on the list I read gromacs just divides energies by avogadros number...Does this mean there is no way of getting quantities in &quot;mol&quot; for mixtures?<br>
<br>3- If I run a simulation with one chain the interaction energy is smaller than a system with two chains..in fact there should be one  specific value for interaction of component A with B independent of system size and number of particles. This is again a matter of units I think..How can I calculate the actual energies for a specific system so that they can be compared with those in literature (KJ/mol)!<br>
<br>4- Again regarding index groups, I am trying to realize how gromacs deals with a number of chains  defined as awhole in a group [all chains]. For instance for Rg or end to end distance, what is calculated based on [all chains] is the average of the case with index file having <br>

[chain 1]....
[chain n]?<br><br>In other words  [all chains] deals with all chains separately and reports quantities for ALL the chains as a group? <br><br>Thank you,<br>