<p style="margin-bottom: 0cm; margin-top: 0pt;">Dear All</p>
<p style="margin-bottom: 0cm; margin-top: 0pt;"><br>
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm; margin-top: 0pt;">I would like to compute
the radial density function rho(r) (in g/cm3) of different parts of
micelle formed with DPC molecules (such as headgroup, alkyl tail and
water) relative to the center of mass of the aggregate. I have
constructed an index files containing all the atoms of the surfactant
headgroup and alkyl chain and used g_rdf (4.5.3):</p>
<p style="margin-bottom: 0cm; margin-top: 0pt;"> </p>
<p style="margin-bottom: 0cm; margin-top: 0pt;"><br>
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm; margin-top: 0pt;">/work/cont003/abel01/gmx4.5.3/bin/g_rdf_mpi
-f *_Center_All.xtc -s run_1.tpr -o
DPC-Self-AMB_100-155ns_HEADGROUP_RDF.xvg -b 100000 -e 155000 -norm -com
-n index_Radial_Profile_DPC.ndx </p>
<p style="margin-bottom: 0cm; margin-top: 0pt;"><br>
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm; margin-top: 0pt;"><br>
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm; margin-top: 0pt;">For water, as expected, I obtained a RDF profile where rho (r) values tend to the water density (~1g/cm3) near the simulation  edge  box.  For the headgroup and the alkyl tail of the DPC, it is not the case since I obtained two peaks with rho (r) values higher than the density a phosphocholine group and a dodecyl alkyl chain (in my case 26.4 and 16.4 ). </p>

<p style="margin-bottom: 0cm; margin-top: 0pt;"><br>
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm; margin-top: 0pt;">What is wrong with command used above. Did i forget something ?<br></p>
<p style="margin-bottom: 0cm; margin-top: 0pt;"><br>
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm; margin-top: 0pt;">Thank you in advance for your help. <br>
</p>
<br>SA<br>