Dear friends<div><br></div><div>                I am trying to run a MD simulation with a Zn ion in the active site. The zinc makes covalent bond to His , Asp , Cys and Drug molecule. however I am trying to study various ligands that make a sustainable bond with zn over period of time. I am new to gmx and I am pretty confused with .rtp and specbond.dat . How should I make His (its actually HisD) , Asp and Cys bonded with Zn and enough residual charge on zn with which it can form a bond to ligand molecule. will definitions of bond lengths and bond angles on specbond.dat will alone suffice ? I am using Amber99sb ff so that I can carry out md on my fermi card. any help is highly appreciated.</div>

<div><br></div><div>thanks and regards<br clear="all">bharath<br>
</div>