Dear experts,<br><br>Please kindly comment on this error. Thank you very much. <br><br>I am getting the known charge group radii error. (in 4.0.7 version with the same settings my simulations run with no error)<br><br>==========================<br>
NOTE 1 [file md.mdp]:<br>  The sum of the two largest charge group radii (0.205676) is larger than<br>  rlist (1.100000) - rvdw (1.000000)<br><br>There was 1 note<br>. . .<br><br>turning all bonds into constraints...               <br>
turning all bonds into constraints...<br>Largest charge group radii for Van der Waals: 0.103, 0.103 nm     <br>This run will generate roughly 317 Mb of data<br><br>===================================<br><br>This error has been discussed several times on the archive after release of 4.5.3. Please note that my charge groups are CH3 and CH2 only! . To treat this error I dont know If I need to increase rlist (as suggested in the first link below) or use maxwarn -1 ( second link). How can I diagnose which one to choose?<br>
<br><a href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2011-January/057830.html">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2011-January/057830.html</a><br><br><a href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2011-January/057980.html">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2011-January/057980.html</a><br>
<br>==================================================<br>charge groups of solute:<br><br>     1   opls_135      1   EthB     C1      1          0     12.011   ; qtot 0<br>     2   opls_140      1   EthB    H11      1          0      1.008   ; qtot 0<br>
     3   opls_140      1   EthB    H12      1          0      1.008   ; qtot 0<br>     4   opls_140      1   EthB    H13      1          0      1.008   ; qtot 0<br>     5   opls_136      1   EthB     C2      2          0     12.011   ; qtot 0<br>
     6   opls_140      1   EthB    H21      2          0      1.008   ; qtot 0<br>     7   opls_140      1   EthB    H22      2          0      1.008   ; qtot 0<br>     8   opls_136      1   EthB     C3      3          0     12.011   ; qtot 0<br>
     9   opls_140      1   EthB    H31      3          0      1.008   ; qtot 0<br>    10   opls_140      1   EthB    H32      3          0      1.008   ; qtot 0<br>    11   opls_136      1   EthB     C4      4          0     12.011   ; qtot 0<br>
    12   opls_140      1   EthB    H41      4          0      1.008   ; qtot 0<br>    13   opls_140      1   EthB    H42      4          0      1.008   ; qtot 0<br><br>==================================<br><br>Thanks<br>moeed<br>