Thanks for your suggestions.....<br>Can you please give some explanation for my second doubt...<br><br><div class="gmail_quote">2011/2/28 André Farias de Moura <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:moura@ufscar.br">moura@ufscar.br</a>&gt;</span><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">the manual does not enclose all the necessary knowledge for any kind of MD<br>
simulation or analyses, so you have to read some papers and textbooks as<br>
<a href="http://well.as">well.as</a> I&#39;ve already pointed out, g_hbond reads the whole set of frames, but the<br></blockquote><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">

results are meaningful (in the sense of having a homogeneous variance) only<br>
up to half of the size of the sample. if you need the correlation<br>
function for a<br>
longer time lag, increase the length of your simulation. that way, your ACF<br>
should remain meaningful.<br>
<br>
best<br>
<br>
Andre<br>
<div><div></div><div class="h5"><br>
On Mon, Feb 28, 2011 at 10:36 AM, bipin singh &lt;<a href="mailto:bipinelmat@gmail.com">bipinelmat@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt;<br>
&gt; Hello,<br>
&gt;<br>
&gt; I am usng g_hbond to calculate H bond auto correlation during the simulation<br>
&gt; for two residues in my system, I have two doubts regarding this:<br>
&gt;<br>
&gt; 1)How to use -acflen to calculate autocorrelation for all the frames instead<br>
&gt; of half of the frames<br>
&gt; 2) What is the use of -temp option in calculating the autocorrelation<br>
&gt; because it is giving same result whether you use 298K or 500K<br>
&gt;<br>
&gt; I have read the manual but I am not clear about these functions.<br>
&gt; --<br>
&gt; ---------------------------------<br>
&gt; Thanks and regards<br>
&gt; Bipin Singh<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
</div></div>&gt; --<br>
&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; Please search the archive at<br>
&gt; <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
&gt;<br>
<font color="#888888">--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</font></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><font color="#3333ff"><i><font face="arial, helvetica, sans-serif"><div>---------------------------------<br>Thanks and regards<br></div><div><span style="font-family: arial; font-style: normal;"><i><font face="arial, helvetica, sans-serif">Bipin Singh</font></i></span></div>
</font></i></font><div><font color="#3333ff" face="arial, helvetica, sans-serif"><i><br></i></font></div><br>