<br /><br /><span>On 02/28/11, <b class="name">Matthew Cliff </b> &lt;m.j.cliff@sheffield.ac.uk&gt; wrote:</span><blockquote cite="mid:4D6B79A9.1060209@shef.ac.uk" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text plain">Hi,<br /><br />    I'm very new to MD and I am trying to run MD simulations of proteins binding AlF4-. I am running GROMACS 4.5.3<br />and using OPLSAA forcefield, Tip4p water.<br />I have created a topology file for AlF4 (see below), and added atom types to the forcefield files atomtypes and ffnonbonded (see bottom of topology file). The force constants are pretty much fictitious, but I think reasonable.<br /><br />If I run the AlF4- in a box of water with a counterion (Na+) with timestep 1fs and constraints=none then nothing untoward happens. However, if I run with 2 fs time step and constraints=all-bonds, then it goes horribly wrong after 69 steps and says:<br />&quot;Step 69, time 0.138 (ps)  LINCS WARNING<br />relative constraint deviation after LINCS:<br />rms 0.211433, max 0.232176 (between atoms 2 and 5)<br />bonds that rotated more than 30 degrees:<br /> atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length<br /><br />Step 70, time 0.14 (ps)  LINCS WARNING<br />relative constraint deviation after LINCS:<br />rms 0.558220, max 0.947733 (between atoms 2 and 4)<br />bonds that rotated more than 30 degrees:<br /> atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length<br />      2      1  142.7    0.1413   0.1214      0.1790<br />      2      5  166.0    0.1374   0.1126      0.1790<br />      2      3  142.6    0.1416   0.1203      0.1790<br />Wrote pdb files with previous and current coordinates&quot;<br /><br />If I increase the bond strength this takes longer, but still happens. Energy minimisation works fine (of course?).<br /><br />Obviously I would like to do half the calculations. (md.mdp is also at the bottom of this e-mail)<br /><br />Cheers,<br /><br />Matt Cliff<br /><br /><br /><br />[ moleculetype ]<br />; Name nrexcl<br />ALF      3<br /><br />[ atoms ]<br />; charges need to be checked<br />;   nr      type  resnr resid  atom  cgnr   charge     mass<br />     1  opls_998     1  ALF      F1     1      -0.8  18.99840   ;Al etc<br />     2  opls_997     1  ALF      AL     1       2.2  26.98153   ;Al etc<br />     3  opls_998     1  ALF      F2     1      -0.8  18.99840   ;Al etc<br />     4  opls_998     1  ALF      F3     1      -0.8  18.99840   ;Al etc<br />     5  opls_998     1  ALF      F4     1      -0.8  18.99840   ;Al etc<br /><br />[ bonds ]<br />; ai  aj  fu    b0, kb, ...<br />   2   1   1    0.179    87864.0    0.179    87864.0 ;   Al-F<br />   2   3   1    0.179    87864.0    0.179    87864.0 ;   Al-F<br />   2   4   1    0.179    87864.0    0.179    87864.0 ;   Al-F<br />   2   5   1    0.179    87864.0    0.179    87864.0 ;   Al-F<br /><br />[ angles ]<br />; ai  aj  ak  fu    c0, c1, ...<br />   1   2   4   1    90         397.5    90.0       397.5<br />   1   2   3   1    180         397.5    180.0       397.5<br />   1   2   5   1    90         397.5    90.0       397.5<br />   3   2   4   1    90         397.5    90.0       397.5<br />   3   2   5   1    90         397.5    90.0       397.5<br />   4   2   5   1    180         397.5    180.0       397.5</div></blockquote><br />I'd be suspicious of those 180-degree angles. They are trouble for linear species like nitriles. Depending how the angles are computed and used, enforcing a bond constraint could be flipping one from -180 to +180. I think you need only use 4 90-degree angles and 2 planarity-enforcing dihedrals. In extremis, maybe define the Al as a COM virtual site. (See manual).<br /><br />Mark<br /><br /><blockquote cite="mid:4D6B79A9.1060209@shef.ac.uk" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text plain">[ dihedrals ]<br />; ai  aj  ak  al  fu    c0, c1, m, ...<br />   2   3   1   4   2      0.0 1673.6        0.0 1673.6   ; imp making it flat<br />   2   1   4   5   2      0.0 1673.6        0.0 1673.6   ; imp making it flat<br /><br />#ifdef POSRES<br />[ position_restraints ]<br /> 1 1 1000 1000 1000<br /> 2 1 1000 1000 1000<br /> 3 1 1000 1000 1000<br /> 4 1 1000 1000 1000<br /> 5 1 1000 1000 1000<br />#endif<br /><br /><br />In atomtypes.atp:<br />opls_997    26.98153  ; Al<br />opls_998    18.99840  ; F<br /><br />In ffnonbonded.itp:<br />opls_998   F   9 18.9984     -1.00        A    2.9500e-01  2.22e-01<br />opls_997  AL  13 26.98153     3.00        A    1.0e-01   3.66e+00 ;<br /><br />;    Input file<br />;<br />title               =  General<br />cpp                 =  /usr/bin/cpp -traditional<br />constraints         =  all-bonds<br />integrator          =  md<br />dt                  =  0.002    ; ps !<br />nsteps              =  10000  ; total 2 ns<br />nstcomm             =  1<br />nstcalcenergy       =  1<br />nstxout             =  500<br />nstvout             =  500<br />nstfout             =  0<br />nstxtcout           =  5000<br />nstlog              =  1000<br />nstenergy           =  1000<br />nstlist             =  5<br />ns_type             =  grid<br />rlist               =  1.2<br />rcoulomb            =  1.2<br />coulombtype         =  pme<br />vdwtype             =  cut-off<br />rvdw                =  1.2<br />optimize_fft        =  yes<br />DispCorr            =  EnerPres<br />; V-rescale temperature coupling is on in two groups<br />Tcoupl              =  v-rescale<br />tc-grps             =   Other Water_and_ions<br />tau_t               =   0.1    0.1<br />ref_t               =   300   300<br />; Energy monitoring<br />energygrps          =   Other Water_and_ions<br />; Isotropic pressure coupling is now on<br />Pcoupl              =  berendsen<br />Pcoupltype          =  isotropic<br />tau_p               =  1.0<br />compressibility     =  4.5e-5<br />ref_p               =  1.0<br />; Generate velocites is off (from traj)<br />gen_vel             =  no<br />gen_temp            =  300.0<br />gen_seed            =  173529<br /><br />-- <br />Dr. Matthew J Cliff<br />Tel: (0114) 2222708<br />e-mail: m.j.cliff@sheffield.ac.uk<br />Molecular Biology and Biotechnology<br />University of Sheffield<br />Firth Court<br />Western Bank<br />Sheffield<br />S10 2TN<br />UK<br /><br />-- <br />gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br /><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="l">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br />Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="l">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br />Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br />Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="l">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br /></div></blockquote>